随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
一个黑色身影出现在罪案猖獗的米花町，心怀不轨地要杀掉某个人。 《名侦探柯南》里的超强绿叶犯人犯泽再度现身，这次他穿着招牌紧身衣化身主角，内心单纯善良的他是否能完成这场不可能的任务？
在遥远的未来，一班时间罪犯进行非法行为使历史也被错乱修改，所以地球也成立了公共机关“时间保护局”，来监视这些非法篡改历史的罪犯，并将他们用“冷冻压缩”的刑罚绳之以法，这时“时间保护局”收到报告，在隆德监狱所有罪犯的手下假扮成守护者，趁被冷冻之际，则趁机杀害所有的时间守护者，然后将隆德监狱据为己有，并组成了犯罪集团“洗钱帮”引诱时光机器进行时光旅行，时间设定为来到公元2000年的日本。 四位来自公元3000年的时间守护局成员优理、土门、绫濑、席恩，为追捕逃走的时间罪犯唐‧多尼洛与其“洗钱帮”的党羽，与时间保护局战队队长龙也（リュウヤ）[1]来到一千年前的二十世纪，但原来眼前的龙也队长竟是洗钱帮的莉拉（リラ）所假扮，加上时光机受到破坏暂时回不了未来世界，洗钱帮也开始为了金钱四处作恶，但是手上的五个时间变身器“Chrono Changer（クロノチェンジャー!）”启用时必须要有五名使用者同时起动，所以四人将误打误撞来到时光机坠毁的海滩，与龙也长相一模一样的20世纪人浅见竜也拉进阵容中，开始了时连者逮捕洗钱帮归案的战斗。 其后浅见竜也为了摆脱家族带来的困扰而离家，与四位未来人在东京都品川区的一个房子住下来，成为时连者的基地，又因脱离家族没有经济来源，所以成立了“TOMORROW RESEARCH”，开始做起万事通（替委托人承担各类工作）的生意。后来又出现了新的机器人与变身器，加上竜也的旧友泷泽直人，也成了拥有与时连者同等力量的竞争对手。 但随着局势发展，竜也他们渐渐发现原来打从一开始，就有意想不到的阴谋正在酝酿……
