故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
未来世界的超级都市旧京山（San Fransokyo），热爱发明创造的天才少年小宏，在哥哥泰迪的鼓励下参加了罗伯特·卡拉汉教授主持的理工学院机器人专业的入学大赛。他凭借神奇的微型磁力机器人赢得观众、参赛者以及考官的一致好评，谁知突如其来的灾难却将小宏的梦想和人生毁于一旦。大火烧毁了展示会场，而哥哥为了救出受困的卡拉汉教授命丧火场。身心饱受创伤的小宏闭门不出，哥哥生前留下的治疗型机器人大白则成为安慰他的唯一伙伴。原以为微型机器人也毁于火灾，谁知小宏和大白竟意外发现有人在某座废弃工厂内大批量地生产他的发明。 稍后哥哥的朋友们弗雷德等人也加入进来，他们穿上小宏发明的超级战士战斗装备，和怀有险恶阴谋的神秘对手展开较量……
为了安抚伤心的碧波，艾丽娜给她讲了一个故事。蝴蝶仙子曼瑞莎是家中最小的女儿，和两个姐姐以及好友薇拉在一起，曼瑞莎的日子过得自在又快乐。某日，寄给了曼瑞莎一张地图，他告诉曼瑞莎，女王被奸人所害，而自己遭到了软禁，能够拯救他们的，唯有曼瑞莎一人，就这样，在两个姐姐的陪伴下，曼瑞莎踏上了冒险的旅途。 很快，曼瑞莎就发现了毒害女王的罪魁祸首——仙子汉娜。曼瑞莎先是救出了王子，之后又得到了能够替女王解毒的神奇花朵。就这样，艾丽娜又一次的凭借着自己的勇气和智慧换回了展翅镇的安宁，而作恶多端的汉娜亦得到了应有的惩罚。
