头文字D第三季(剧场版)

在充满日本风情的小乡村霞高原町“霞之里”私立志能备学园里，为了拜自己憧憬着的忍者“市川电藏”为师而来到了“志能备学园”的女孩子向日葵，和为了偿还被骗走的借金而来到学校的新任教师万里小路隼人，他们之间闹腾故事还将继续。

从人类开始开发宇宙开始进入A.C.（After Colony）纪年，在第一个宇宙殖民地L1完成后百年，地球统一政府对殖民地以武力实行高压统治。 在A.C.165宇宙住民对地球圈发起抗争，而在其中的调停者是非暴力非武装份子的希罗·維，并在各殖民地和地上展开演说推广其理想，但其在A.C.175遭到暗杀（其中一种说法为杀手是OZ前身的特务组织的成员），随后殖民地陷入混乱并遭到特务部队（后来的OZ前身）镇压。之后在地球上提倡和平主义的山克王国和其王室匹斯克拉福特家族也遭消灭。 A.C.195年强力反对地球统一政府强力支配的殖民地份子，对地球送入了五架高达，开始歼灭特务部队OZ的“流星作战”（Operation Meteor）。

所谓“炼金术”，即通过不同组合产生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为神秘研究之一，种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体（怪物）Chemy”，作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体，Chemy为模仿蚱蜢、SL（蒸汽火车）等世上存在的万物所制造。                                                                      　　但是，本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出，一齐遭到释放。偶然被卷入该事件的主人公为高中生 · 一之濑宝太郎，被托付了假面骑士Gotchard的变身腰带“Gotchar驱动器”，与回收散落于世间的Chemy的使命。

1945年，第二次世界大战由于黑月与幻兽的出现而意外终结。50年过去了，曰本仍然持续着与幻兽的激烈交战。                                                                      　　远离战场前线的青森尚未出现过幻兽。毕业于东京军官养成学校“振武台”的精英女士官石田来到青森就任第108警护师团第4中队的中队长。可是在这个毫无实战经验的中队里，大部分队员都散漫松懈。就在这个时候，幻兽突然出现。在石田的指挥下，第4中队全体出击，可是第一次面对幻兽的队员们，他们采取的行动却令人意想不到……

时值1980年代，江之岛的小学四年级的女生铃音凛（鈴音リン）父母双亡，她独自经营着食堂生活下去。

在这个世界上，存在着能够永生不死的人类，即使遭到致命的重创，也会在短时间内迅速恢复，人们称之为“亚人”。永井圭（宫野真守 配音）是一名平凡的高中生，某日，一场车祸让他亚人的身份曝光，随即遭到了有关政府部门的高价通缉，在曾经的好友海斗（细谷佳正 配音）的帮助下，永井圭踏上了永无止境的逃亡之路。                                                                      　　途中，永井圭结识了同为亚人的佐藤（大冢芳忠 配音），佐藤想将永井圭纳入自己暗中组建的亚人团体之中，敏感的永井圭却发现了佐藤隐藏极深的真实面目和目的。亚人一直遭到政府的迫害和残酷研究，因此佐藤企图通过一系列恐怖袭击活动来夺回属于亚人的权利，永井圭则投靠了亚人管理委员会的户崎（樱井孝宏 配音），在他的带领下对抗强大的佐藤。在亚人和人类之间，一场充满了硝烟和鲜血的战争即将拉开序幕。

　　桐人为了调查枪与钢铁的VRMMO「Gun Gale Online」里所发生的“死枪”事件而登陆了该游戏。
　　桐人将自己在ALO里的游戏转移到GGO里后，虽然遇上了乍看之下很容易被误认为是美少女角色的麻烦，但在经过狙击手少女诗乃的引导之后，顺利参加了决定最强枪手的PvP淘汰 赛“BoB”。
　　桐人在这个被枪支配的世界里，成为了唯一使用光剑战斗，并不断在“BoB”里获胜的知名角色。
　　他独特的战斗方式成为了玩家间讨论的焦点，知名度也不断上升。
　　次日，隔天举办的“BoB”正式大赛开始了。在聚集了许多强敌的“多人大混战”中，“死枪”终于现出身影。
　　“死枪”究竟是什么人？
　　“虚拟世界”真的能对“真实世界”产生影响吗？
　　桐人即将独自挑战“死枪”！

　　因兴趣而开始做英雄的男人，埼玉。他通过3年的特训获得了无敌的力量，成为仅凭一击就能打倒任何敌人的英雄。他和偶然成为自己弟子的杰诺斯一起，开始在英雄协会正式展开英雄活动。在怪人发生率异常上升的同时，英雄协会想到大预言家皱巴巴婆婆留下的“地球完蛋了”的灾害的可能性，并准备开始研究对策。此时，对怪人感到憧憬的饿狼出现了。