《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
遥远银河彼端，闪耀着一颗孕育魔法神力的星球——维尔哈伦。大陆上存在着四个迥然各异的国家。来自南国的少年界海机缘巧合下进入一间名为“时之歌”的神秘藏书阁打工，在工作过程中结识了来自不同国家的神秘客人，而这些错综复杂的关系有意无意地将他卷入一场深关大陆命运的漩涡……
有人说，世间是一个大苦海，人在海中，肉身是船，魂是船里的人，驶向彼岸。 春秋鼎盛的大乾王朝国运昌盛、四海宾服，然而强盛的表面之下暗流已然涌动，远敌近邻虎视眈眈，八大妖仙蠢蠢欲动，武温侯洪玄机权倾朝野，太上道主梦神机监察天下。 在这样一个大争之世里，少年书生洪易向着世道，发出了第一声质问。洪易是当朝第一权臣洪玄机与太上道上代圣女梦冰云之子。幼年丧母，身为庶子，处处受人欺压，但是这不能阻挡洪易求学之心。机缘巧合之下，洪易踏上无比艰险的武道双修之路，在命运的压迫下奋起反抗，挫败了重重强敌，成为一代传奇。
原本过着平凡校园生活的哈小浪和其余十一星狗小伙伴等人，在一次时空怀表破裂时，被吸入了不同的时空裂缝中。他们分别来到了远古时代、沙漠金字塔和冰河时期等不同时代空间进行冒险。在冒险中，哈小浪与伙伴们意外获得了神秘力量——“星魂之力”，因此拥有了超强的超能力。他们通过不断穿梭异空间，最终来到充满科技与魔法的“星狗未来城”。在这里他们遇到了老朋友“狗哥”，并得知此时的“星狗未来城”，出现了一群会“黑魔法”的邪恶魔法师，邪恶魔法师想要复活大魔王来统治整个星球。哈小浪和伙伴们决定去阻止大魔王复活，因此他们进入魔法学院学习，并且不断冒险来提高他们的超能力，但无奈最终大魔王还是复活了，哈小浪携手伙伴们不畏困难迎战大魔王，因此展开了精彩纷呈的守护时空战。
因“神秘符事件”而昏迷不醒的小鱼，被鱼爹带回了故乡。当小鱼神奇的苏醒，性情大变，行为古怪时，他们又卷入了一件件神秘、感人，围绕着守护主题的精灵治愈故事。青梅竹马阿玲的出现，为鱼爹提供了帮助，也摩擦出了暧昧的火花，但古灵精怪的阿玲对小鱼异常的了解，不时又藏藏掖掖像似酝酿着什么。到底是谁占据了小鱼的身体？阿玲又隐瞒了什么？真正的小鱼是否会醒来？当鱼爹一步步拨开迷雾，他将如何面对.....
