2005年突然入侵的宇宙海贼团“迪斯卡尔”在地球收齐了12个宇宙胶囊，并利用其力量完成了对地球的征服，整个地球被黑暗笼罩。到了公元2500年，统治地球的宇宙海贼的后代“新迪斯卡尔”以地球为基地对多个文明星球发动侵略战争，地球和其他星球的人组成反抗军将一支小型舰队送入虫洞回到2005年，为的是阻止当年的宇宙海贼改变历史。而察觉到反抗军动向的“新迪斯卡尔”也派出军队穿越虫洞回到2005年，关系到现在和未来的超时空大战开始了……
远月学园迎来秋季选拔，获得选拔资格的创真迎来新的挑战。
拿到这本由死神路克所掉落的死亡笔记本的人，是日本的高中生“夜神月”。月将世界上一个个犯罪者的名字写进笔记本上杀掉，他相信这样的行为会是正义，誓言要将世界变成一个没有犯罪者的新世界，而他将是这个新世界的神。发现有人在制裁犯罪者的一般民众，开始称呼这位制裁者为“奇乐（KIRA）”（KIRA为Killer的日文拼音，意思是杀手。）另一方面，察觉到奇乐出现的ICPO（国际刑警组织，Interpol），委托一个名为“L”的侦探来调查奇乐事件。L是唯一能动员全世界警察的人，世界上很多陷入胶著的案件都是由他查出。他的本名、长相、居住地等，完全没有人知道。认为奇乐是罪恶的L，用巧妙而大胆的方式证明出“奇乐你就在日本关东地区”，在日本设立搜查总部挑战奇乐。奇乐和L，从此为了揭露彼此的真面目，也为了彼此的正义展开了一连串的斗智。
经过艰苦鏖战，星矢、紫龙等人终于打败包括三巨头在内的108冥斗士，凭借12黄金圣斗士的力量和沾染女神献血复活的圣衣的加护，星矢等人最终冲过叹息之墙和异次元空间，一辉也在潘多拉的帮助下随后抵达冥王哈迪斯盘踞的所在——极乐净土。 这是一片至高无上的天堂，没有饥饿、战争和痛苦，只有死后被神选中的人才能达到这里。他们的到来惊动了守护哈迪斯的两位神明——死神达拿都斯和睡神休普诺斯。他们的神力极为强大，纵使曾无数次保护过青铜圣斗士的黄金圣衣在他们的面前也薄如脆纸。绝望之际，圣衣的力量再次苏醒，进化成只有神灵才能拥有的神圣衣。神与神的战争再次升级，人类的命运将会如何？
