被称为“红色彗星”基恩公国军的王牌飞行员,‘势’和他的妹妹敲定了《塞拉·玛斯’的命运悲剧的开始和过去~两兄妹的流转的故事背景,边路~3掌握实权,基恩公国,统帅ザビ家,ランバ・ラル和黑色三连星等“一年战争”中活跃了无数的基恩军队著名的跳蛙王牌飞行员们年轻的日的英勇,战况戏剧性地改变了人型机动武器开发“出”的轶事,与地球联邦军的分歧和对开战的路线等，作为映像第一次被描写“一年战争”以前的过去的故事。
看似在过去的心理阴影及独自的别扭思考回路之下讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，偶然地被生活指导担当教师平冢静带着加入了「侍奉部」。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到给学生会帮忙，度过着解决各种事件的每一天。 季节流转，时至春天。八幡与结衣，接受了雪乃最后的委托。在准备3月的毕业典礼过程中，还被彩羽请求协助毕业舞会…——追求真物的八幡，与3人的关系逐渐改变。究竟他的高中生活将迎来怎样的结局！？
菜乃花自由（小西宽子 配音）自幼丧母，由父亲抚养长大。随着时间的流逝，对母亲之死一直无法释怀的自由慢慢的对忙于工作的父亲产生了怨怼。这一天，自由像往常一样走在上学的路上，一个武士打扮的怪异男子拦住了她的去路。怪人自称小田豪鲤之助（置鮎龙太郎 配音），目的是将一个可疑的眼罩送给自由。在半推半就下，自由收下了眼罩，却没想到这一举动，改写了她今后的人生轨迹。 原来眼罩为一代剑豪柳生十兵卫所有，而带上眼罩后的自由，居然变身成为了她的继承人。就这样，面对着不断出现的敌人，自由走上了一条争斗与斩杀的道路。而在修炼剑术的同时，自由也逐渐的理解了父亲对于自己和家庭所付出的辛劳。
面对即将展开的崭新的高中生活，个性活泼开朗的元气少女保登心爱（佐仓绫音 配音）心中充满了憧憬与喜悦，新的城市，新的环境，会有怎样有趣的故事在这里发生呢？ 一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。
以《最终负荷实验》为名，将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。 战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派， 与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。 在桐人仍然沉睡于精神世界的深处之时，《暗黑神贝库达》即加百列 从现实世界中让数万美国玩家登录，企图一举歼灭《人界》军。 相对地，亚丝娜等人利用以Underworld创世神冠名的3个超级账号展开对抗。 获得了《创世神史提西亚》超级账号的亚丝娜， 和《人界》军一同与美国玩家展开死战， 而获得了《太阳神索鲁斯》超级账号的诗乃，则追赶着带走了爱丽丝的加百列。 随后，获得了《地神提拉利亚》超级账号的莉法，也抵达了Underworld。 不仅如此。呼应了莉兹贝特充满气势的演说的《ALO》玩家们， 将千锤百炼的角色进行转移，加入《人界》军一方参战！ 这场大战不只关系到Underworld的存续。 还是赌上了作为究极AI的自律学习型人工智能，甚至人类未来的战斗。 而大战的终点，如今正握在沉睡中的一名少年——《黑色剑士》的手中。 《Alicization》篇，在此完结！
