故事发生在从10年前发生了的“同时多发无气力症”的灾难中恢复的未来型新兴城市"绫风市"。相隔10年之久，高中生神乡慎与弟弟洵在绫风市遇到了担任绫风市警察署长的哥哥谅。 而这个时候，在绫风市正发生了各种各样的怪异事件。作为警察署长的神乡谅一直在追查着潜藏在这一连串怪异事件背后的神秘组织。而被卷入某件事件的神乡慎“persona”能力和形态觉醒过来。兄弟们的命运的齿轮现在开始转动……。
学生新聞で４コマ漫画を連載している小学４年生の藤野。クラスメートからは絶賛を受けていたが、ある日、不登校の同級生・京本の４コマを載せたいと先生から告げられる…。二人の少女をつないだのは、漫画へのひたむきな思い。しかしある日、すべてを打ち砕く出来事が…。胸を突き刺す、圧巻の青春物語が始まる。
与愿望的实现相反，不为人知的持续战斗的魔法少女们。但是环彩羽却忘记了自己的愿望。 “当我成为魔法少女时，我许了什么愿望？” 在日常生活中突然出现空洞。那些已经失去的重要的东西。毫无理由持续战斗的每天…… 从那时起，有传言在魔法少女们之间纷传。 “如果去神滨，魔法少女就会被拯救” 神滨市是魔法少女和传言聚集的城市。为了寻求失去的愿望，环彩羽的故事开始了——
在平稳而乏味的乡村生活的少年·近卫刀太，有着前往都市一展宏图的梦想。为此，他每天都向养育了自己的亲人，同时也是优秀的魔法使·雪姬发起挑战。但，一边战斗一边和睦度日的两人面前出现的赏金猎人，宣告了平稳乡村生活的终结。 这是一个，成为不正经者的人们的物语。
森山素直是个喜欢面包的无口系沉默中学生。有天，他在自家冰箱里发现一只长着黑色猫耳和尾巴的二头身谜样生物，取名为POTEMAYO并圈养起来。软绵绵又可爱的POTEMAYO在素直的学校里也拥有很高的人气。后来，森山家的冰箱里又冒出一只同类型的谜样生物“松露子”，不知为何松露子将POTEMAYO视为对手。故事就这样围绕着两只奇妙生物还有素直与其各具特色的同学们欢乐地展开了。
那是，在被忘却的月球上开演的“EXTRA”之物语。 存在于月球的，拥有能实现任何愿望之力量的灵子计算机“Mooncell Automaton”。 构筑于Mooncell内部的灵子虚构世界“SE.RA.PH”。 赌上“圣杯”，由魔术师与英灵引发的新的月之圣杯战争，开演。
