《咕噜咕噜魔法阵》讲述了一个这样的故事：在吉姆吉姆大陆上的一个小村庄吉米拉村，有一天，国王颁布了勇者召集令悬赏，如果有人能够消灭魔王将会得到五万R并且能够成为哥达国的王子。仁杰的父亲发现了召集令，为此训练他的儿子、强迫儿子成为勇者踏上旅程。吉米拉村有着旅行前不得不去拜访 魔法婆婆的规则，按照这个规则，仁杰到达了魔法婆婆的家，勇者被命令和能够使用咕噜咕噜魔法的米古米古族人歌莉一起踏上旅程。然后被国王认同是勇者的仁杰以打倒企图征服世界的魔王纪力而和歌莉开始了旅程。
有着姣好容姿的转校生河野亨，在他转学的第一天就被学生会推选为“公主”的候补。而所谓“公主”制度，就是挑选美丽的高一学生，请他们于学校各种重大活动时穿着女装，而且服装还是娇俏的萝莉装、护士服或女佣服，从而滋润男校里枯燥的生活! 起初河野亨决拒绝，可是，当他听闻成为“公主”的学生将可得到以金钱为主的各种优待后，便答应成为“公主”的一员。学园里，已有较先成为“公主”的四方谷裕史郎和礼实琴，然而二人的态度却截然不同，四方谷十分享受“公主”的乐趣，但是实琴由始至终打算从“公主”逃离。以三人作为中心，加上其他个性强烈的美型配角，搞笑的女性向学园物语就此展开。
