新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。 少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。” 我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……
故事发生于位于本州南部的一座孤岛之上，从前，这里是一片热闹的景象，直到有一天，一个大企业买下了岛上的大部分地皮，准备在这里建造工厂，很多居民因此而选择了搬家，渐渐的，小岛变得又冷青又荒芜。 星野航（中村悠一 配音）是在岛上学习生活的高中二年级男生，某日，他所在的学校里转来了一位名叫泽城凛奈（河合春华 配音）的女生。对于这个人员不断流失的小岛来说，新鲜血液的加入是一件多么新奇的事情啊！泽城凛奈究竟为什么会从热闹的大城市转学来到这座萧条的学校里呢？没过多久，泽城就交到了羽山海己（石川乃奈 配音）、浅仓奈绪子（筱崎双叶 配音）、六条宫穂（草柳顺子 配音）等好友。
御宅族高中生“安艺伦也”，某天在樱花飞舞的坂道上遇见了，不起眼的普通少女兼同班同学“加藤惠”。 想要以惠为主要女主角制作Galgame的伦也，邀请了金发青梅竹马“泽村·斯宾塞·英梨梨”担当原画，年级第一的优等生前辈“霞之丘诗羽”担当剧本，并成立了同人社团“blessing software”。之后堂姐“冰堂美智留”也作为音乐担当加入。 通过努力，他们的Galgame终于完成了一条路线。 两个月后就将面临冬comi的伦也他们，究竟能否顺利完成游戏呢？ 正统的青春涂鸦，再一次在这里开幕——。
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
东田大辅（中村悠一 配音）是一位平凡不起眼的男子，因为家境实在贫困，于是不得不来到一间家庭餐厅打工以维持生计。东田虽然其貌不扬，却有着十分认真踏实的性格，因此深受上司和后辈的信赖。然而没过多久，东田就发现，这间看似普通的餐厅，其实有着非常大的问题。 工作出色的女高中生领班宫越华（户松遥 配音）、活泼开朗的千金大小姐镰仓志保（雨宫天 配音）、浑身散发着魅力的轻浮男公关进藤祐太（小野贤章 配音）、沉默寡言拥有着超强灵能力的村主小百合（日笠阳子 配音），餐厅里唯一的正常人足立正广（内山昂辉 配音），在这些人的围绕下，东田会迎来怎样的打工生活呢？
人類在廣大的宇宙中建立了許多星際國家，其名稱為「星間都市聯盟」，但大部分都被泰坦尼亞家族實質控制。星曆446年，宇宙都市國家耶伍里亞意外地擊退了泰坦尼亞的侵犯，因而引發了反對泰坦尼亞霸權的運動；再加上泰坦尼亞家族本身的內鬨，銀河進入了激動的大時代。
