坂井悠二的高中生活刚刚开始，本将一直持续的平凡生活却因为一次偶然而发生了剧变。 回家途中，商店街的时空突然停止，这封闭空间中所有人的灵魂都被魔物吸去。而手持日本刀与魔物战斗的灼眼红发美少女，告诉了悠二惊人的真相“你已经死了，现在的你只不过是以另一种形态活着。” 接受了这个事实的悠二决定与这位灼眼红发美少女一起为世界而战，并以少女的武器名来称呼她为“夏娜”。为了世界的未来，夏娜被卷入了一次又一次的战斗之中，二人的羁绊就此展开。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
頂級教室爭奪戰即將開打，召喚獸現身吧！ 「我不要這種教室啦！」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室，有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用；而明久所分配到的放牛班教室裡，只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希，明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸，爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦！
当艾伦释放出巨人的终极力量时，世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心，他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。
故事发生在平安时代中期，疾病和灾荒令原本的政府逐渐没落，如今是武士与阴阳师的天下，而这两方势力为了争夺完全的统治权而展开着无休无止的争斗。为了拯救百姓与水火之中，政府命令源赖光（三木真一郎 配音）出发寻找可以为人们带来幸福的勾玉，可是在出发至极，源赖光却卧病不起，无奈之中，只得由他的妹妹源光（水泽史绘 配音）女扮男装替兄出征。 在忠心耿耿的家臣渡边纲（三宅健太 配音）的护送下，源光踏上了旅程。一路上，她结识了许多身怀绝技的旅伴。吟游乐师万岁乐（三木真一郎 配音）和年岁过百的阴阳师安倍晴明（德丸完 配音）成为了源光寻找勾玉的得力助手，然而，就在勾玉的下落渐有眉目的时候，源光却从源赖光处得到了安培晴明想要毁灭京都的噩耗。一边是兄长，一边是生死与共的同伴，源光究竟应该相信谁？
动画《Fate/Grand Order 绝对魔兽战线 巴比伦尼亚》改编自同手游剧情第7章。第七特异点——绝对魔兽战线 巴比伦尼亚!本次圣杯探索的舞台为神代，世界最古老的都市文明，魔兽栖宿的乌鲁克之地。第七特异点位于公元前2655年，人类和神明决裂的最初时代。「三女神同盟 」相互勾结要将人类引向灭亡。吞噬乌鲁克的毁灭预言。直面绝对的终焉，最惨烈的战斗已经揭开序幕!
