嬴政は、函谷関攻防戦で自らの才を証明してみせ、まもなく行われる成人の儀式「加冠の儀」において、国内外に向け自らが「第31代秦王」であることを宣言し、国の実権を取り戻すことを誓う。しかし、中華全土を巻き込んだ戦いは、攻め込まれた秦国も、合従軍に参加した国々にも大きな爪痕を残した。 秦国では、混乱に乗じた内乱を目論む者が現れる。さらには呂不韋が自身の野望達成のための最終段階へと動き出す。 国家存亡の危機を乗り越えた秦国に、新たな波乱の兆しが見え始めていた――。
在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。 很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。
瓜皮头、蝴蝶结、锐利冰冷的眼神以及乖张的举止，是年仅4岁的幼儿园小女生小季子的经典标志。相较于同龄小朋友，这个女孩似乎过于成熟，她不屑于说没用的废话，“沉默是金”是无上的真理，而往往一出口便令听者瞠目结舌。她讷于言而敏于行，拥有可媲美忍者的矫健身手。 她还用“外星人”密码写日记、在劳作课上做出抽象立体派雕像、爱观察昆虫交配。除此之外当然也有一些搞怪的小毛病，比如会自己洗澡却忘记关浴室门，会擦全家人的皮鞋却不会系鞋带。这真是一个让爸爸妈妈哭笑不得的酷娃娃……
马德拉斯（小林沙苗 配音），一位行迹诡异的杀手，活跃在卡萨索尼卡王国内战的战场之上。玛格丽特（桑岛法子 配音），一笔价值不菲的遗产的唯一继承人，从小打到都是养尊处优的大小姐。这两个表面上看来毫无关联的女子，其唯一的共同点就是都失去了记忆。而玛格丽特唯一记得的，只有“马德拉斯”这一个名字。 一本神秘的绘本将玛格丽特带往了卡萨索尼卡，而国际犯罪组织安纺亦盯上了玛格丽特，他们派出了特务卡罗莎（森川智之 配音）潜伏在玛格丽特身边。在卡萨索尼卡，马德拉斯和玛格丽特终于相遇了，她们决定共同寻找绘本的起源和隐藏在其中的秘密，与此同时，马德拉斯和她的指导老师潘尼莎（雪野五月 配音）一起，揭露了安纺贩卖军火，并且想要掀起世界大战的巨大阴谋。
无法忘记在刑务所的落语慰问会中见到的大名人·八云的“死神”，出狱的与太郎径直前往寄席。拜倒在八云面前，成为他住所的雇工以及弟子，磨炼了技艺的与太郎终于升进成为真打。他所继承的名号是第三代助六。为了八云师父，为了小夏，为了改变两人心中的助六，与太郎所找到的自己的落语是……
电视剧版《功夫熊猫》集中讲述了熊猫阿宝在成为“神龙大侠”不久后又面对的重重艰难考验，剧情将填补两部电影版《功夫熊猫》之间的空隙，人物设定将沿用电影版，“中国元素”仍将成为其亮点。此外，电视剧版《功夫熊猫》中将出现不少新角色，“他们大都是反派，功夫盖世，对阿宝造成不小的威胁。”
