本作为原创动画，将描绘游戏原作的遥远未来。故事以「グランシード学院」为舞台，以新世代的学生ネモ和ファリア两人为中心，讲述与不知名的「英雄」定下了契约的少年ネモ，在一次讨伐边境时与「グランシード学院」的学生会会长ファリア相遇，进而展开的原创故事。
小森朱梨（内田彩 配音）是一个身高足足有一米八的健壮女孩，参加了校田径部的她是队内的种子选手，深得同伴和教练的信赖。虽然小森外表看上去不好接近，但实际上个性却非常善良，对于他人的请求，小森无论如何都无法拒绝，虽然这样的特质给她惹出了不少的麻烦，却也令她在不知不觉之中掌握了很多他人鲜少能够掌握的特殊技能。 一头金发看上去好像一个不良少女个性却意外的单纯的西鸟惠（小泽亚李 配音）、小森的青梅竹马，沉默寡言深藏不露的根岸真子（长绳麻理亚 配音）、同班同学大谷九郎（竹下礼奈 配音），每天和好朋友们在一起，快乐的日常就此拉开序幕。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
与假面骑士Thousand Ark的游戏中取得胜利的檀黎斗借着幻梦无双卡带的力量，陆续收购IT相关的风险投资企业，扩大幻Corporation。但随后Smart Brain的形象女郎兼社长秘Smart Queen出现，宣告已经完成了幻梦Corporation的收购。其目的是黎斗创造游戏的力量。 黎斗拿着幻梦无双卡带逃离现场，然而电池耗尽令他静止了。 而救助黎斗的是意外的人物ーーー。
