在星猫和黑魔王手下的那一场宇宙激战中，宇宙飞船星猫号上的时间机器产生了故障，黑魔王的手下，被传送到500年前，而星猫被传送到了500年后。在星猫消失的1000年中，黑魔王的手下们已经成功地救出了黑魔王，并且用美食的力量，控制了12星座族，而星猫则从历史上完全消失了。星猫为了找回宇宙飞船。星猫必须在中国学习的功夫和中华美食技巧，在卷毛等人的帮助下，战胜一个个昔日的同伴，拯救星猫和12星座族，将历史重新拉入轨道。
万年之前，仙王牧云因持有诛仙图而遭人暗算，残魂沉睡万年之后，在天运大陆南云帝国有名的“废物牧云”身上觉醒。牧云初醒，就受到了学生妙仙语的刻意刁难，牧云轻松的就化解了妙仙语的陷阱，并举一反三的说出了更多的炼丹技巧，让门外的炼丹大师莫问赏识不已。回到家中，牧云得知了要与秦家小姐秦梦瑶结亲的消息。秦梦瑶寒毒在身，活不过二十岁，结亲不过是为了牧家和秦家的利益。但牧林辰的劝说下，牧云以炼丹为条件，答应了这门亲事。炼出了淬骨丹，牧云的修为有了第一次提升。莫问时常来找牧云请教，而秦时雨一直想请莫问来治疗孙女秦梦瑶。莫问暗示让牧云一试，牧云阴差阳错下唤醒了体内的诛仙图，得知秦梦瑶体内的并非寒毒，而是冰凰神魄。牧云治好了秦梦瑶，冰凰神魄的力量使得秦梦瑶修为突飞猛进。在见识到了牧云的能力后，秦梦瑶对牧云充满了好奇和兴趣，于是成为了北云学院的导师，和牧云教导同一个班级。而追求秦梦瑶不成的东方玉，嫉妒仇恨之心燃起，誓与牧云势不两立。 牧云借着诛仙图突破修为，去北云山脉历练，妙仙语执意同行，途中牧云以一人之力猎杀十几头紫毛猎狼，让妙仙语十分震惊。而被人指派暗杀幕运动柳山四煞一路尾随，趁牧云脱力之机会，纷纷现身准备对牧云下手。
谁说被系统选中了就要辛苦做任务给系统打工？对于苏辰来说，打工是不可能打工的，这辈子都不可能为系统打工的。系统发布的任务？不接！系统敢威胁？揍他！系统跪地恳求：“宿主爸爸，求求你可怜可怜我，接一个任务吧。”苏辰不耐烦道：“你等我把一百万技能点花完再说！
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
