这个美术部有问题！

　　在里加甸魔法学院学习的威尔‧赛尔佛特，是个无法使用魔法、所有「术科」学分通通得不到的「无能者」；但他却靠着「学科」的学分努力升上魔法学院的最高年级──驱使他这么做的，是小时候跟初恋对象爱尔法莉亚的约定！在这受到「大结界」保护的世界中，没有人亲眼看过「天空」，因此年幼的他们约定好要一起爬到魔法师之塔的顶端看真正的夕阳……为了追上成为「至高五杖」的爱尔法莉亚，天生的「战士」威尔只能拚了命地往上爬！

　　他们拥有梦想。
　　总有一天，飞向广阔天空的梦想。
　　知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。
　　遥远的未来。
　　人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。
　　在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。
　　孩子们就住在那里。
　　对外面的世界一无所知。
　　对自由的天空一无所知。
　　他们被告知的使命，只有战斗而已。
　　敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。
　　为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。
　　他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。
　　有一位曾被称作神童的少年。
　　代号016。名字是广。
　　但他现在却跌落谷底。
　　是不被人需要的存在。
　　如果没有乘上FRANXX，就如同不存在一样。
　　在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。
　　她的额头，长着两根艳丽的角。
　　“——找到了哦，我的DARLING”

进入21世纪已有近20年，在人们已忘记了妖怪存在的现代。 

　　科学无法解明的现象频发，流言飞语散布各处，大人们只能疲于奔命。 

　　希望想办法解决这一情况而写信给妖怪信箱的13岁少女·真奈的面前， 

　　随着咔哒咔哒的木屐响声，鬼太郎来到了…。

最強ギルドの座をかけ、ナツたちの新たな物語がはじまる。ナツたちが不在だった7年の間に、フィオーレ王国最弱の魔導士ギルドとなってしまった「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」は、No.1ギルドを決める祭典・「大魔闘演武」での優勝を目指す。大会四日目、ナツ＆ガジルは、現最強ギルド・「剣咬の虎（セイバートゥース）」の双竜と呼ばれるスティング＆ローグと対戦。ナツは、双竜が放つ渾身の合体魔法（ユニゾンレイド）を、ギルドで育まれた想いの力と圧倒的なパワーで撃破する。この勝利により、見事1位に踊りでて歓声をあげるフェアリーテイルとそのメンバーたち。一方、対戦途中でナツにより闘技場から追いやられたガジルは、偶然にも闘技場の地下でドラゴンの死骸が大量に横たわる墓場を発見する。また、大魔闘演武の裏で暗躍する「ゼレフと似た魔力を持つ者」を探していたジェラールは、ついにその人物を追い詰めるが、素顔を見て驚愕する。大魔闘演武最終日、7月7日。この日は、かつてドラゴンが一斉に姿を消した日でもある。大会最終日の始まりとともに、それぞれの思惑が絡み合い、新たな事実が動き出そうとしていた。