时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球， 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。 在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
本该是高中女生的「我」居然在不知不觉间来到未知之地，还转生成「蜘蛛」怪物了！？虽然我成功逃离喜欢同类相食的蜘蛛父母，却不小心闯进怪物们的巢穴。在这个毒蛙、大蛇、巨猿还有龙四处横行的可怕迷宫里，只是一只小蜘蛛的「我」有办法存活吗……真是……开玩笑也该有个限度吧！造成这种状况的元凶快给我出来──！在各方网友的热烈声援之下，蜘蛛子的生存战略正式展开！
在不远的未来，海平面原因不明地急速上升，导致了地表多数都沉入海中。 小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。 曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜艇还有债务。 夏生为了取回“失去的未来”，潜海前往据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 在那里，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。 她是一位构造精密到与人类别无二致，而又感情丰富的机器人。 从海底被打捞起来的亚托莉如是说道。 “我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前，我会成为夏生先生的腿！” 在一个逐渐沉入海中的平静小镇，少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。
街を賑わすサーカス団。 しかし、彼らの移動とリンクするように街では子どもたちが消えていた。 調査のためサーカス団に団員として潜入した、セバスチャンとシエル。 そこで思いがけない人物…に遭遇する。 サーカス団の隠された目的とは！？
