由乡下到城市念书的一般专校学生桜咲铃雄在找不到打工机会下接受了从自称浦公英的女孩子由糊里糊涂股份有限公司(玩具公司)的玩具腰带试用员，但那其实是真正的战斗服变身腰带，于是在误打误撞下，铃雄成为哟呵超人，加入银河联邦警察的下一代战斗服试用计划，再经过一番功夫的绑架、洗脑、户政资料变更等浦公英化身为桜咲小铃以铃雄妹妹的身分一起住进宇宙庄，但整个宇宙庄的房客都不是正常人，有会制造巨大机械兽的疯狂科学家，手艺粗糙的少女哥雷姆工匠，SM女王造型的魔兽使跟可以变成全动物园任一种动物的奴隶，除了这些A级宇宙罪犯，敌对公司的战斗服试用员也在宇宙庄，在被认出真面目就失去资格的情况下，铃雄要怎样才能扮演好特摄英雄的任务呢?
题目来了。如果你有兴趣的对象邀你去约会，你会怎么做？ 而且对象不只一个，有冰山美人型学姊和可爱型儿时玩伴葵花这两大美少女！ 这种时候当然会意气风发地前往碰面地点吧？ 结果她们向我表明的「心意」是！……要找我「恋爱谘商」怎么追我的好友啊哈哈哈…… 我不干了！不干不干！ 我终于从「迟钝型无害角色」变回原来的本大爷啦，可是本大爷不会在这种时候怨天尤人。 因为只要帮她们做这恋爱谘商，说不定她们就会喜欢上本大爷啊！ 然而，有一名少女从旁看著本大爷这种悲哀的孤军奋战。 她是绑辫子戴眼镜的阴沉女──三色院堇子。 该怎么说，本大爷讨厌这女的，偏偏……喜欢本大爷的竟然就你一个？
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
