表面上过着平凡高中生活的红真九郎，实际上是经营着所谓的麻烦事务处理所的麻烦解决人。一日，同样负责解决事务的柔泽红香小姐，收到了保护神秘少女九凤院紫的任务。本不想接受任务的红香，在少女的表情之下动容，要求真九郎负责这一任务。第二天，住在真九郎寓所的紫感到不安，而真九郎不顾其感受去学校上学。结果，当他从学校回到家中，紫已经不知去向。 委托人真九郎能否完成任务？紫的真实身份又是什么？根据小说《红》改编的动画，将会对迷题一一解答。
——自由，是何等美丽，又是何等残酷呢 逃离了恩典农场的15个孩子。抛弃虚假的乐园、追求自由的他们，面临的是从未见过的植物和动物，以及追赶而来的“鬼”……外面的世界虽然美丽，但他们所面对的又过于残酷。但孩子们不会放弃。他们在来自“密涅瓦”的信息以及诺曼留下的一支钢笔的引导下，向着明天进发。为了实现前去迎接留在农场的“家人”这一约定。
一场名为“REFLECTION”的世界大灾害突如其来，夺走了许多人的生命，幸存下来的人得到了特别的”力量“。 大灾害过了3年，在纽约举行的追悼会，那个”力量“以恐怖主义的形式展示在人们面前。站在染上黑暗的能力者面前的是身分不明的面具男埃克森、身穿金属铠甲的艾盖以及追着埃克森、投身于战斗的少女埃莉诺。 “REFLECTION”为何会发生？目的又是什么？现在，谜团将会解开……
