故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
铃之宫莉莉莎是只允许一流淑女就读的“樱心女子学园高等部”的学生。她为了获得学园中最有荣耀与骄傲的称号——“高贵的少女（Noble Maiden）”，日夜努力，成为了周围人都刮目相看的大小姐。然而，实际上她是一年前因为母亲再婚而进入铃之宫家、曾经是“普通人”的女孩。为了回应母亲的期待，她压抑着内心的真实情感，放弃了自己热爱的摇滚和吉他，开始以大小姐的身份行事。某天，她遇见了学园中的憧憬对象黑铁音羽，并在偶然的情况下目睹了音羽在打鼓……大小姐✖️摇滚！？心底的真实情感交织碰撞的青春摇滚动画，正式开幕！
“你能，和我组一辈子乐队吗？” 高一的春末。羽丘女子学园里的学生基本上都组好了乐队， 推迟入学的爱音也在为了能尽快融入班级而急忙寻找乐队成员。 在这时候，知道「羽丘的小怪人」灯还没组乐队之后， 爱音不由自主地向她搭话…… 遍体鳞伤且蓬头垢面的，我们的“音乐（呐喊）”。 不畏迷茫，纵使迷茫亦要前行。
圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的7名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与7名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这7组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与servant中的剑士Saber（セイバー）订定契约，被卷入圣杯战争当中...
