《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
星幻岛上的欢乐和谐的生活引起了一波邪恶势力的不满和觊觎。在海洋深处有一个神秘的魔幻岛，岛主是没有欢笑没有快乐的呼噜大王，正是由于星幻岛的生活充满了太多快乐，而惹怒呼噜大王，决心打乱班纳他们的生活。于是派出自己的手下：双双、失失、冒冒三人去到星幻岛完成这一艰巨的任务。麻烦还不止这些，海博士的老冤家死对头，功夫岛岛主大虾博士也对星幻岛垂涎已久。看来星幻岛这下可是真的面临棘手的问题了，不过你可别忘了我们还有可爱的班纳在呢，天大的困难在他的戏耍中都会迎刃而解的。班纳这个小家伙可是不好惹的，最后大坏蛋们只能是偷鸡不成反蚀把米，给自己造成了种种困扰和麻烦，还反倒给班纳和他伙伴们的生活增添不少新的乐趣。
异世界帕拉尼来袭，和平的拉贝尔遭到攻击。在入侵者伊赛德斯的强攻下，守护拉贝尔的节气守护结界被打破，二十四节气散落失踪。为了拯救拉贝尔，同时也为了解除帕拉尼的黑暗危机，新一代的花仙魔法使者雪城爱与帕拉尼王子埃里克一起，来到地球，收复散落的节气花信。
落魄小说家，意外进入了自己小说里面，成为书中角色-反派赘婿李雨果，面对走入歧途的原小说男主，李雨果放下曾经的软弱，与坏人角斗智斗勇，救下众多被迫害的家族……然而局面刚有扭转，又被困于危机重重中，李雨果绝处逢生，用不屈的意志与原小说男主搏斗，最终拯救了原文男主，回归正途，作家终于恢复了自己的作品世界，守护了作品也守护了朋友和家人。
伴随着魂导科技的进步，斗罗大陆上的人类征服了海洋，又发现了两片大陆。魂兽也随着人类魂师的猎杀走向消亡，沉睡无数年的魂兽之王在星斗大森林最后的净土苏醒，它要带领仅存的族人，向人类复仇！生活在斗罗大陆上的少年唐舞麟因为武魂是蓝银草，一直被嘲笑轻视。一次意外受伤中他发现：自己身体里面有一条由18道封印封禁的金龙，守护着自己的那缕神识告诉他，如果不逐步解开封印，自己将爆体而亡……
