在2022年，未来战争的硝烟弥漫，人类幸存者与无尽的机器大军之间的对抗已持续数十年。1997年，被称为“天网”的人工智能获得了自我意识，宣告了对人类的战争。为了改变人类的命运，一名士兵被送回过去，她的任务是在危机前保护科学家马尔科姆。 马尔科姆（安德烈·霍兰 Andre Holland 配音）致力于研发一种新型人工智能系统，旨在对抗“天网”即将发起的攻击。然而，面对技术带来的复杂道德困境，他不仅要全力以赴推进研究，还必须躲避来自未来的无情杀手的追击。随着危机的加剧，他的三个孩子也深陷其中，命运因此被彻底改变。士兵与科学家的命运交织在一起，生死存亡的抉择将决定人类未来的走向。在这场时间交错的斗争中，士兵和马尔科姆必须克服内外的重重障碍，寻找希望的火花。只有团结一致，他们才能在这场生死较量中逆转历史，改变未来的命运。
故事讲述的是在关东大沙漠那样的一片死亡之地上，数百年前，繁荣的文明毁于一旦，只留下沙海中默默矗立的高楼废墟，如墓碑般渲染着浓重的死亡气息。这里白天温度超过 50摄氏度，到了夜晚又骤降到零下，环境极其恶劣。即使在这种地狱般的世界里，仍然活动着顽强的人类。 在那里为了赚钱从看厕所到杀人什么都肯干的叫便利屋的职业大为受人欢迎,在这其中,有一位有点名声,为了完成任务可使用任何手段,集卑鄙,恶劣于一身,并不堪女色,抠门的男人。这个男人使用一把古老的霰弹枪,人们称他为砂和尚。这个被称作“砂和尚”的少年，他原名水野灌太，对沙漠了如指掌的他在这里干着代理人的工作，为了生存以及完成任务不择手段，和他在一起的助手则是被称作“小沙”的女孩小泉太湖。在充满危险的大沙漠里，展开了一个残酷的生存故事 。
" 魔界树篇 自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎，他们于是派手下卡魔人四处收集能量。岩和安本是情侣，但却分别爱上小兔和阿卫，使四人的关系变得复杂。因为卡魔人的出现，小兔首先被露娜唤醒记忆，再次成为爱与正义的战士，保卫地球。小兔不想让其它人再度作战，努力想靠自己一人之力战斗。一次亚美等人受袭，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢复了四战士的记忆，于是美少女战士再度集合，为爱与正义而战。虽然水手服战士的记忆是回复了，但阿卫仍未回复记忆，小兔于是出尽方法令阿卫记起她。现在战斗时已没有了夜礼服假面的帮忙，却出现了一个神秘人月影骑士，也经常帮助水手服战士。小兔的胸针被卡魔人打碎后，又把银水晶镶进去，获得了更强的月水晶威力。魔界树快要枯死了，安发现它对小兔的能量有反应，于是命卡魔人把小兔捉住，献给魔界树，使它吸收小兔的能量。小卫巧合地和小兔同被魔界树捉住，魔界树吸收他们的能量后，开始急速膨胀，它的树枝把整幢大厦包围了，四位战士也来到，要救小兔和阿卫。小兔和阿卫互相关心对方，岩和安妒忌他们的亲密，攻击二人…… 黑月帝国篇 神秘少女小小兔从天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，从此寄住月野家。小卫突然要和小兔分手，小兔大为紧张，用尽方法只想再和小卫在一起。小小兔的目的原来是要找寻银水晶，救她的妈妈。她同时又被神秘的黑月帝国一族追杀，她每次被逼到无路可逃时，都会发出强大的能量，战士们于是能够朝能量发出的方向去救她。五位战士再度掌握新必杀技，对抗敌人。敌人中的魔界四姐妹，分别也拥有和四战士相似的力量，常常和战士们激战。四姐妹开始对黑月帝国的做事方法产生疑惑，加上她们的上司宇伯鲁斯对待她们的残酷手段，终于令她们改邪归正，在战士们的帮助下，重获新生。神秘新战士水手冥王星登场，使战士们对小小兔有更深的认识。经过一番波折，阿卫终于摆脱心魔，再度和小兔在一起。输送黑暗能量的暗黑之门完成，小小兔也带着众战士穿越时空，到达未来的水晶东京。在那里，战士们知道了黑月帝国的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和阿卫的女儿。小小兔独自走出水晶宫殿，被黑月帝国的瓦斯曼迷惑，错信父母和其它战士都不爱她，于是接受黑暗能量，变成黑暗淑女。黑月帝国狄曼特王子和沙菲尔王子被瓦斯曼杀死，瓦斯曼的野心完全暴露出来。在瓦斯曼的迷惑和战士们的真爱下，小小兔的思绪开始极度混乱，瓦斯曼见她动摇，把她和小兔、阿卫用黑暗力量包围起来，三人处境危险，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿卫用自己全部的力量不惜生命要唤醒小小兔，小小兔最终回忆起大家的好，恢复了原样，并决定为这个世界和未来的世界尽自己的努力。最终两个兔子用现在和未来的两颗银水晶打败瓦斯曼拯救了地球。最终世界和平，小小兔也回到了恢复正常的未来世界。"
城北大学学生·筑波洋在练习滑翔机的时侯帮助了被不明组织追赶的改造工学者·志度博士。博士曾是与企图征服世界的组织·新修卡的合作者，但由于组织的残忍做法而令博士的良心受到谴责，从而选择逃离新修卡。洋为了匿藏博士而被新修卡的怪人打至垂死。博士为了救活洋而回到了新修卡，并把洋改造为改造人。 复活后的洋与博士一起逃离了新修卡。而为了保护人类，洋变身了，博士将变身后的洋称作“假面骑士”。
塔奇克馬的日常 (英語：Ghost in the Shell: Tachikoma Days，日語：タチコマな日々, Tachikoma na Hibi;也被稱之為Tachikoma Specials) 是一部隨DVD附送的特典性質動畫短片，其出現在以DVD版本發行的電視動畫版攻殼機動隊的每話最後部分，就風格而言是部輕鬆搞笑的作品，作品的主角就是公安九課所使用的思考戰車塔奇克馬(Tachikoma),其內容上除了對部分劇情的哲學思考外也有起到對TV版動畫補完的作用.如今已經播放的攻殼機動隊 Stand Alone Complex以及第二部攻殼機動隊 S.A.C. 2nd GIG的每集的最後均有該短篇的身影，每集長度約為1分鐘左右.
