从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了！？
故事的主人公，大山武进入了原本是女校的「天日学园」，在这间女性的花园的学校里，等著大山武的是可靠的青梅竹马兼学生会副会长的女主角天谷春恋、高傲的大小姐姫神木灵及非常可爱的未婚妻栉八稻穗。在天日学园中，除了有其他常规学校的课程外，学生还要学习使用及掌握「元素」，而当中有一部份学生更能够使用拥有不可思议力量的「魔具」……
年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
在平稳而乏味的乡村生活的少年·近卫刀太，有着前往都市一展宏图的梦想。为此，他每天都向养育了自己的亲人，同时也是优秀的魔法使·雪姬发起挑战。但，一边战斗一边和睦度日的两人面前出现的赏金猎人，宣告了平稳乡村生活的终结。 这是一个，成为不正经者的人们的物语。
