有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。 在此戰役中，諸星團因傷重而瘸腿，且損壞了奧特眼鏡，便再不能夠變身成賽文了。因此，他誠邀鳳源（雷歐奧特曼）加入MAC，並委以保衛地球的重任。
2095年10月31日。 未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。 自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始， 世界因新的战略级魔法师登场而震撼。 其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感， 为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。 约两个月后的12月24日。 就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际， 达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。 雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的， 是和她同龄的女孩子。 与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。 她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。 她身为STARS历代最年轻的总队长， 是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。
天海护乘坐加里安在宇宙中搜索残存的佐达，但是有了意外的发现——用收集宇宙中的暗黑物质来再生三重连太阳系的parts Q Machine和执行这一行动的索鲁11游星主。在索鲁11游星主否决了宇宙和三重连太阳系共存的可能性后，护下了决心。护利用复制人和复制的加离安吸引住11游星主的主意，然后夺走parts Q machine，并把真正的加里安藏在11游星主不敢接近的G水晶里，不过复制人却被游星主俘获。 J-Ark在木星决战后被the power抛到宇宙的边缘，发现了一些不对劲的可疑迹象。调查过程中，竟然遇到了被索鲁十一游星主追击的真正的小护。小护将parts Q Machine交给戒道，告诉他不能让它落入索鲁11游星主的手中。J发射ES火箭让他们逃走，自己留下应敌，不敌被俘。从ES Window中脱出的戒道坠入地球，parts Q Machine则分裂成几个部分。 地球上，小护离开1年后，初野华在遛狗（大狗狗已经有了7个儿女，名字是星期一到星期日……）途中，意外的发现自己的心上人——天海护回到了地球。可是，他却在与戒道打斗！ 在法国巴黎市内，特殊犯罪调查官露娜•加迪夫•狮子王率领新型AI光龙、暗龙对夺取Q PARTS的犯罪组织Bio Net展开追捕。对方是外表像个机械骷髅的基姆莱特（Gimlet），它虽然没有佐达、原种那样的融合能力，但是也是个颇令人头疼的家伙。好在，3G也盯上了Bio Net，已经恢复肉身、成为超进化人的狮子王凯也来到巴黎。虽然加里安被小护带走，但是3G制造了可以蓝色战机Fantom Gao（fantom同phantom，意为“幻影”），凯与Fantom Gao融合成外形极为类似GaiGar的GaoFar，与基姆莱特展开搏斗。但是没想到这个家伙能与一些组件组合成不同样式，很是难缠，于是凯唤来Liner-Gao II、Drill-Gao II、Stealth-Gao III进行最终融合（不过审批手续比原来繁杂了，3G的新头头是个磨磨蹭蹭的面瓜老头）。基姆莱特得机器人终于在新生勇者王GaoFighGar的黄金之锤下变成了光，而基姆莱特也被露娜打爆。 不情愿变成改造人、终生都要披着了冷却外套的露娜是狮子王雷牙博士的女儿，在她冷酷的外表下，其实有着一颗受过伤害的脆弱心灵。 但是，不是只有Bio Net对Q Parts感兴趣，存放在世界各地的Q Parts的各个部件接连被盗，而罪犯竟然是小护！ “对不起……”小护的表情虽然令人怜爱，但是他所做的事却不能让人原谅，他造成了猿头寺耕助的心上人——有超感应能力的帕彼亚的死亡。愤怒的凯用GaoFighGai对一意孤行的小护宣战，而小护则使用GaoGaiGar应战。但出人意料的是，那个加里安竟然是全白的，莫非…… 连黄金之锤也不敌小护的“天与地”，凯只好在雨中与小护展开“天与地”的对决。这是勇气的决战，小护终于倒下了。戒道突然出现击倒了企图暗害凯的小护，并披露了他只是复制品的事实。但此时Q Parts组成的parts Q Machine已经启动…… 3G发现宇宙正在缩小，世界上不断出现灾难。难道，世界要毁灭吗？实际上，这是由于parts Q Machine回收了暗物质来使三重连太阳系再生造成的后果，3G决定再到三重连太阳系探险。地球方面对3G下达了放逐令，并命令风龙、雷龙等追击，可实际只是做戏。 由于没有积达王的ES火箭，3G只得借道加利安尼亚彗星的ES Window。但是好不容易穿过ES Window后，他们却发现眼前是地球！登上“地球”，却发现这里是不完全的复制品，而本应死去的帕彼亚站在大家面前。? 戒道独自展开调查，却遇到一个同样拥有J力量的人，正在惊讶时，却被那人体内伸出的一堆武器所击中（很类似金凯利的《面具》呢）……而此时基地内的其他人却沉浸在满足感之中，大河总裁甚至命令关闭所有AI，只有凯、露娜和拥有超能力的帕彼亚受到的影响最小。 凯发觉这一切都是索鲁十一游星主在搞鬼，他直接跑去挑战，见到了独眼、牙医打扮的的男子——巴鲁巴雷巴，原来是他发出的巴力斯粒子控制着人的思想。他进行化学融合成为怪模怪样的巴鲁巴雷巴PLUS，使出与“Hell and Heaven”类似的“God and Devil”。双方的威力不相上下，就在僵持时，一位游星主掀开斗篷，他竟然是加印！加印面带慈祥的笑容站在巴鲁巴雷巴的肩上，GaoFighGar一下被穿透…… 露娜来到一座坐落在孤岛的古堡，用G石解开了J的封印，却遭到了外形像蜜蜂的维拉斯（其实更像SM女王……）和绰号“死神”的皮亚戴克姆的攻击，而阿贝尔也现身了。所幸命和真正的小护及时赶到，在小护的指引下，他们找到了沉睡在地下深处的J-Ark。复活的白色方舟再次升空，而阿贝尔的黑色航空母舰皮亚戴克姆PIT则出现在他们面前。戒道并没有死，而是被红色行星J的领导者——阿贝尔俘获，成为皮亚戴克姆PIT的生化电脑，这使J不能攻击。J-Ark只得飞往宇宙，却遭到勇者军团的拦截。 在黄金之锤与J Quath的激烈碰撞之中，King J-Der渐渐不敌，J Quath消失在光芒中……但就在此时，勇者机器人们纷纷觉醒，尽管只是复制品，但是在勇气的召唤之下，他们用身躯抵挡了黄金之锤。在光芒之中，黄金之锤、还有复制的勇者机器人们，消失了…… 在破坏的GaoFighGar里，凭借勇者的呼唤和净解的咒语，凯解开了化学迷心锁。J分离出J Bird抵御皮亚戴克姆的舰载飞机，不料阿贝尔下令让戒道冻结J宝石的力量，J Bird的光之翼消失了，被皮亚戴克姆撞击钉在J-Ark上。GaoFighGar爆炸了，小护与命携带昏迷的凯乘坐Liner-Gao II来到了G水晶里。小护告诉命，加里安真正的用途是遏制三重连太阳系再生程序，也就是索鲁11游星主。只是当时由于Z主脑的攻势太猛烈，所以加里安才被用到不同的目的上。当护将Genesic力量注入加里安时，游星主们出现了，原来他们的原动力——增幅型G石在G水晶的Genesic圣光前会失去威力，而当力量注入加里安时G水晶会停止放光，因此他们才趁机进入G水晶。在索鲁Wave的照射下，G水晶破碎了。而当加印企图收回加里安时，却发现加里安选择了凯。但拥有Genesic力量的原始加里安，还是不敌游星主的合力攻击。就在GaiGar险些被巴鲁巴雷巴PLUS的刀刺中时，命在神秘声音（估计是小护的母亲）的召唤下及时发动了原始融合。“遏制再生的力量的，是破坏的力量。破坏是重新回到起点的希望，是对无限可能性的挑战。” “Genesic承认！”G水晶的碎片化成了Genesic Machines：Protect Gao、Broken Gao、Gadget Gao、Spiral Gao、Straight Gao，冲破索鲁Wave，并组成了最终勇者王•Genesic GGG，但命却被索鲁Wave击中，命在旦夕。 尽管Genesic GGG比游星主要强大，游星主也不敌原始装甲（Genesic Armor），但是不断再生的能力使得他们并未落于下风。 面对勇者们，游星主们纷纷融合，成为与勇者们针锋相对的机械。J与露娜偶然发现，在G石的Hyper Mode的感应下，J宝石能再度放出光辉，King J-Der也得以再次启动。J发誓要夺回戒道！可是皮亚戴克姆与战舰融合后，变成了比King J-Der更巨大的机器人皮亚•戴克姆PEAK。近身搏斗打不过、为了保护戒道而不能用炮击、最强武器J Quath在与黄金之锤的对决中消失，J能否取得胜利呢？一切一齐尽在第8话“神话”给大家答案巴。
在一场毁灭性的世界大战后，地球只剩机器人们和唯一人类女性存活着，而这少女名字就叫做『遥』，在其身旁有五位机器人们的相伴。而对于醒来之前的记忆都没有的遥，为了寻找其失去的记忆而离家出走，却遇到了同样是人类的少年卡那特……那么，人类真的就只剩下他们两人了吗？还是说，人类已经去了别的星球？
传奇佣兵部队“鹰之团”，在团长格里菲斯（樱井孝宏 配音）的率领下结束了百年战争，一跃成为米特兰王国的正规军。但是荣誉的顶点也正是衰落的开始，格里菲斯被国王投入“再生之塔”最底层的死牢，遭受常人难以想象的折磨，鹰之团也沦为叛军潜入丛林荒野，时刻遭到追兵的屠戮。黑暗而漫长的一年后，战神格斯（岩永洋昭 配音）重新归队，与代理团长卡思嘉（行成桃姬 配音）建立深深的信任，并在夏洛特公主（丰崎爱生 配音）的帮助下冒险救出格里菲斯。格斯让走投无路的鹰之团看到新的希望，而丧失了一切的格里菲斯则跌入绝望的谷底。当216年一次的日食出现，格里菲斯与霸王之卵再次邂逅，恶魔的血腥盛筵拉开序幕…… 本片根据漫画家三浦健太郎的同名原作改编，为“剑风传奇剧场版三部曲”的最后一部。
