剃须。然后捡到女高中生。

人类消失后，地球经历了漫长的岁月。 位于日本首都东京银座的「银河楼」酒店，至今仍在营业中。 工作人员是以酒店机器人八千代为中心，在各个部门工作的员工机器人们。它们一边等待老板的归来和再次迎接人类的时刻，一边在没有住客的酒店里专心致志地工作，这样的日子仿佛永无止境。 而对于这样的八千代等人，现在，小小的奇迹即将发生——

故事的開始是被認為是宇宙中心的星球，銀河鐵道的全部乾線的起點站迪斯迪尼(Destiny)。有紀學為了繼承不在世的父親和哥哥的遺志，加入守護銀河鐵 道的安全的空間鐵道警備隊(簡稱SDF)。SDF為了守護在宇宙被認為是正確的銀河鐵道的運行日程，應付在各線路發生的事故，如災害、救命急救、宇宙海盜 的討伐等。                                                                      　　與SDF與銀河鐵道全線拉上關系的是一神謎的美女Layla　Destiny　Shura，她持有看出人和生物，行星的命運的能力。她並不會隨時使用其力 量，讓旅客自己尋找自己的方向，可說是一個「命運的守護者」。可是，有人用邪惡的力量打算改變旅客的命運，迫使她發動出隱藏的力量。

　　高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。                                    
                               　　个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？

　　有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……

身为人类少女，却与人类不同的存在——精灵。 拥有强大能力，在从邻界显现时会引发被称为“空间震”的灾害的她们，甚至被称为人类的天敌。 人类对付这种精灵威胁的手段，是武力消灭，或者—— “约会吧，让我出去玩！” 五河士道拥有通过吸取精灵与之亲吻来封印力量的能力。 以这种力量拯救了人类和精灵们的他周围，一场巨大的动荡即将到来。 瞄准世界一流巨型企业精灵力量的DEM产业，为了夺走士道的生命，全力展开袭击。 然后，在士道记忆深处的神秘少女，显现出她的真实身份——。 许多想法交织在一起，历史上最大的战斗开始了。

主角樱羽一时是一个普通的男孩，他本来认为忍者是不存在的。 他本应该过着正常，幸福与美好的日子...... 有一天，一时被人盯上了性命，并得知这都是甲贺忍者的所作所为。 为什么一时会被人盯上呢？因为他是伊贺忍者的第十九代合法继承人！ 伊贺和甲贺长年来处于对立的立场，甲贺一直都想要侵略伊贺。 一时为了活下去，也只能让自己成为忍者！ 就这样，一时投身到了无人知晓的忍者世界中。 为了成为一个成熟的忍者，不断地学习、战斗，直面困难。 但这只是一时残酷命运的开始……

　　本作品的出场人物，大部份取自格林童话里的人物。这些人物在本作中，作了大幅度的整理，让每一个童话人物一看就知道是哪一个人物。
　　故事的男主角铃风草太，是一个中学生。一直以来，他都很想探求小时候母亲说过的一个童话故事。有一天，草太在耳边隐约听到一把神秘的声音，正在说着这故事的内容。他这把声音引诱到秋叶原的小巷中。草太就是这样，遇到一个称他为“艾尔岱之钥”的男人。这男人突然变身为恶梦魔，对草太施以袭击。在电光火石间，一只会说话的狼救了草太，并与一个戴着红色头盔的神秘少女会合，把恶梦魔击退。这个少女，就是四叶骑士团成员、三枪士之一——小红帽。小红帽从魔法世界范达威利，来到现实世界艾尔岱，目的就是要保护草太，以免他落入企图侵略艾尔岱世界的邪恶魔女桑德利永手中。他们在范达威利经历了很多冒险，最后由三枪士、威尔、哈梅林、汉泽尔兄妹，化成七贤者，再次封印桑德利永。

　　住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。