1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
该作围绕第一部剧情结束十年后的世界观展开。主人公·游城十代在前往决斗学院的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求库洛诺斯教授让他通过考试，之后就展开了挑战者之路........
中学時代“⽯”と呼ばれていた⽯森⽻花は、⾃分を変えるため、⾃由な校⾵の⼋美津⾼校に⼊学した。 同じクラスで隣の席になったのは、レモン⾊の髪をした、 クールで⾃由奔放な「レモンソーダ男⼦」の三浦界。 実は⽻花は中学時代に⼀度だけ界に会い、そのひと⾔をきっかけに⾼校を決めた。 ⽻花にとっては、⼈気者の界は遠い存在。 そんな界が、なぜか⽻花の世話を焼くようになる。 界が背中を押してくれることで、少しずつクラスに溶け込んでいく⽻花だったが・・・。 ⽻花の世界はどんどん、界の存在によって変わっていく―――。 果てなく広がる 光の真ん中に 今、私はいる
因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。 时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到了一个委托。 随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。 ——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来新的展开。
