奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……
拉瑟尔（小林沙苗 配音）是一个黑发蓝眼，个性坚强的少女。同时，她还有着另一重身份——魔法师。某一日，因为父亲的一句话，拉瑟尔决定踏上修炼的旅途，为了成为更好的魔法师，她必须拓宽自己的眼界，用魔法帮助更多的人。亚尔赛德（樱井孝宏 配音）拥有着悲惨的回忆，痛苦的他发誓要找到杀害自己父亲的仇人，为此，他也踏上了寻仇之旅。在一次偶然中，这样的两人相遇了，虽然旅途的目的大相径庭，但两人还是结成了搭档。 在旅途中，两人遇见了表面上轻浮内心却十分专一的男子巴洛克希德（三木真一郎 配音），后者遂即加入了两人的队伍。随着旅途的延续，纠缠在三人之间的，复杂又真挚的关系开始慢慢浮出了水面。
性格有些孤僻喜爱安静的大学三年级生，樱井真一。总是被小一届，同高中毕业的学妹宇崎花，以各种照顾爱耍孤僻的学长的名义为由，进行各种无厘头的纠缠。虽然一开始觉得有点困扰，但却逐渐习惯起来……
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
