在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。 他们的诞生理由各有不同。 既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。 既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。 既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。 对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。
痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
小学时期，四位隶属游泳学会的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，于高中生活变得黯然无光的一位成员七濑遥，于某天突然遇上昔日的战友松冈凛。遥一边怀旧的同时向凛提出挑战，结果被对方压倒性击倒。以此为契机，遥决定跟目前同校的橘真琴和叶月渚重新集结，加上新成员龙崎怜，成立岩鸢高中的首个游泳部。充满跃动感的男子高中生，带着份外瞩目的上半身，展开了这个关于游泳、青春与羁绊的故事……
