15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
从小就在父亲身上学习到了很多生存技能的鬼岛誉（市道真央 配音）、同时参加了田径部和篮球部的超级运动系少女铃森明日香（河野日和 配音）、拥有高超的智商和好学生的外表，实际上却是一个超级腐女的天谷睦（安野希世乃 配音）、个性傲娇而又毒舌，但实际上非常想要得到大家的认可和喜欢的千金大小姐九条紫音（和气杏未 配音），一场空难中，这四名女子高中生成为了幸存者，并且漂流到了无人岛上。 从来都是坐在课堂里学习书本知识的高中生们，该如何应对岛上极为恶劣和极端的情况呢？很快她们便会知道，想要在自然法则里生存下去，就要放弃很多东西。
849年，立志成为宪兵的让经过两年的艰苦历练终于实现愿望，荣归故里。他们在托洛斯特地区的街头巷尾进行实战演习，原本踌躇满志的让接二连三被队友赶超，心中满是愤懑和不甘。赛后他和沙夏等队友发生争吵，并且发誓要在次日的对决中一决胜负。就在此时酒气熏熏的皮克西斯司令突然出现，他宣称将由自己充当裁判，而比赛的内容则改为料理对决。为了找到上等的食材，让和伙伴们纵马来到野外，准备猎杀之前为害乡里的野猪，谁知沙夏一行也尾随而至。沙夏她们最先与野猪遭遇，而事态则朝着难以预测的方向发展……
