勇太（菅沼久义 配音）是一个普通的少年，一次偶然中，经人推荐，勇太进入了传说中的圣阿方索学院进行学习。这是一所地处月桂树环绕之中的全封闭式贵族学校，拥有完全独立的通讯系统。虽然被称作学校，但学院更多的被选择成为了名流们销声匿迹的藏匿之所。 勇太是全校唯一一个拥有手机的学 生，因此受到了众多学生的欢迎。在这里，他结识了正直可靠的王子乔舒亚（置鮎龙太郎 配音），前知名演员亚鲁法雷德（森田成一 配音），表面上高贵冷静，背地里却是个十足宅男的西鲁班古拉古（三宅纯一 配音）和炼金术师之家出生的腹黑男古鲁曼（野岛健児 配音）等。在相处的过程中，勇太发现，这些看似高不可攀的同学们，其实有着意外可爱的一面，从而与他们结下了深厚的友谊。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
