故事发生在未来世界之中，在那里，怪盗和侦探是两个同样活跃但相互对立的群体，长久以来，两个群体之间一直维系着相互制约和对抗的微妙平衡。在这样一个动荡的时代中，有一些人拥有着名为“Toys”的特殊能力，拥有这种特殊能力的人们有着比平常人更为缜密的逻辑思维和敏锐的观察能力。 天真烂漫活泼可爱的雪莉福德（三森铃子 配音）、成熟冷静充满了高贵而优雅的气质的阿蒂尼亚（橘田泉 配音）、性格内向沉默寡言十分喜欢读书的艾露克露（佐佐木未来 配音）和个性大大咧咧心直口快的让崎妮洛（徳井青空 配音），这四名拥有特殊能力的少女们展开了和怪盗之间的争斗。
幸平创真（松冈祯丞 配音）出生于料理世家，其父经营着一间家庭餐馆，小小年纪的幸平即将父亲当做了榜样，发誓成为父亲那样的料理家。某一日，父亲找到了幸平，希望他能够进入顶级的料理学校“远月学园”深造磨练，背负着父亲的期许，幸平踏上了旅程。 在学校里，幸平结识了名为薙切绘里奈（种田梨沙 配音）的少女，这位传说中拥有“神之舌”的傲娇少女，竟然将幸平所作的料理判定为“不合格”。外表热情开朗内心极有城府的一色慧（樱井孝宏 配音）、拥有孱弱身体和强大头脑的丸井善二（小林裕介 配音）、活泼开朗的吉野悠姬（内田真礼 配音），与这些“同行”交流着，竞争着，幸平还有很长的路要走。
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
