主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
私立樱才学园本是一所女子高校，然而，在社会大趋势的冲击之下，校方决定打开大门，迎接男生们的到来。第一年，学校录取的男生仅有区区二十八人，他们所要面对的，是泱泱五百二十四位“如狼似虎”的女生们。津田隆利（浅沼晋太郎 配音）就是这二十八人中的一员，机缘巧合之下，他误打误撞加入了学生会之中。 外表端庄秀丽，却有着极大脑洞和极强妄想能力的学生会会长天草筱（日笠阳子 配音）、个性成熟可靠但有时候会语出惊人的七条天空（佐藤聪美 配音）、智商超哥但个性如同小学生一样傲娇的荻村铃（矢作纱友里 配音），在三位古灵精怪的女孩子的陪伴下，津田的校园生活正式拉开序幕。
故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
杀死勇者，杀死王者，魔兽得到了“命运之赤子”…… 拥有超越人类智慧与毁灭性力量的魔兽之王克雷巴特斯，因被接到讨伐命令的 13 位勇者所激怒，决心毁灭人类。然而，他却意外地被托付了一件麻烦至极的东西——那是一名刚刚出生不久的人类婴儿。
