勇太（菅沼久义 配音）是一个普通的少年，一次偶然中，经人推荐，勇太进入了传说中的圣阿方索学院进行学习。这是一所地处月桂树环绕之中的全封闭式贵族学校，拥有完全独立的通讯系统。虽然被称作学校，但学院更多的被选择成为了名流们销声匿迹的藏匿之所。 勇太是全校唯一一个拥有手机的学 生，因此受到了众多学生的欢迎。在这里，他结识了正直可靠的王子乔舒亚（置鮎龙太郎 配音），前知名演员亚鲁法雷德（森田成一 配音），表面上高贵冷静，背地里却是个十足宅男的西鲁班古拉古（三宅纯一 配音）和炼金术师之家出生的腹黑男古鲁曼（野岛健児 配音）等。在相处的过程中，勇太发现，这些看似高不可攀的同学们，其实有着意外可爱的一面，从而与他们结下了深厚的友谊。
一个黑色身影出现在罪案猖獗的米花町，心怀不轨地要杀掉某个人。 《名侦探柯南》里的超强绿叶犯人犯泽再度现身，这次他穿着招牌紧身衣化身主角，内心单纯善良的他是否能完成这场不可能的任务？
故事发生在一个名为“童话王国”的魔法世界之中，替这个世界供给能量的，是漂浮在天空上的幸福之星。糟糕的是，近日里，幸福之星接二连三的消失了，如果这样的情况继续下去，那么童话王国总有一天会消失不见。为了避免这样的情况发生，女王决定派出三个魔法宠物前往人间，他们要找到有资格成为偶像公主的三名少女，委托她们帮助童话王国收集幸福之星。这三人便是雪森苹果、高城蕾拉和笹原名月。 在魔法的加持之下，三名少女得以暂时拥有长大成人的模样，她们通过她们的歌声和舞蹈给人们带来幸福快乐，因为变身维持的时间非常的短暂，所以她们也被人们称为“谜一样的美少女偶像公主”。
住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。
