时代为明治末期――苦于贫穷的天才歌人・石川啄木，因一桩杀人事件为契机，开始以公寓为据点的侦探社操业。其名为“啄木鸟侦探社”。
“浅草十二阶幽灵骚动”、“雪夜中在街上徘徊的吃人人偶”……啄木总会主动投入各种奇怪事件，而担任他助手的、就是他的同乡前辈・金田一京助。
以文明开化的东京为舞台，八面玲珑的天才歌人・石川啄木引领风潮，拉着同为文人同侪的野村胡堂、吉井勇、萩原朔太郎、若山牧水等人一起展开全新生活。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
艾莉丝消失后过了几个月。鲁迪乌斯尽管内心感到空虚，还是为了寻找母亲塞妮丝，来到巴榭兰特公国的第二都市罗森堡。胸中抱着强烈孤独感的鲁迪乌斯原本打算单独行动,却受到路上认识的队伍半强迫式的邀约，和他们一起处理委托..... 「我不能自暴自弃，该去做那些必须做的事情」。历经千辛万苦后，对于和艾莉丝分离一事应该已经做出决断。然而，这件事却在意外的方面侵蚀鲁迪乌斯..….... ?
