某一天，一封招待信送到一群少女们的手中。这个招待信可不一般，那是融合了时尚、舞蹈、音乐等的孩子梦想的“美妙天堂”世界入场券。在那儿，每天都可以参加唱歌、跳舞、时尚的竞赛，而比赛实况也将通过电视和网络向全世界播出。如今的顶级偶像也都是从“美妙天堂”当中诞生的。主角啦啦和他的朋友们也对于“美妙天堂”的世界充满兴趣。不过啦啦的学校却禁止小学生参加这些活动……然而，因为一次奇妙的契机，啦啦第一次走进这个传说中的世界，结果还登上了比赛的舞台。那么啦啦的“美妙天堂”出道演出究竟会如何呢！？
数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
人类消失后，地球经历了漫长的岁月。 位于日本首都东京银座的「银河楼」酒店，至今仍在营业中。 工作人员是以酒店机器人八千代为中心，在各个部门工作的员工机器人们。它们一边等待老板的归来和再次迎接人类的时刻，一边在没有住客的酒店里专心致志地工作，这样的日子仿佛永无止境。 而对于这样的八千代等人，现在，小小的奇迹即将发生——
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
与愿望的实现相反，不为人知的持续战斗的魔法少女们。但是环彩羽却忘记了自己的愿望。 “当我成为魔法少女时，我许了什么愿望？” 在日常生活中突然出现空洞。那些已经失去的重要的东西。毫无理由持续战斗的每天…… 从那时起，有传言在魔法少女们之间纷传。 “如果去神滨，魔法少女就会被拯救” 神滨市是魔法少女和传言聚集的城市。为了寻求失去的愿望，环彩羽的故事开始了——
