在偏僻的小村庄——雏见泽村过着愉快生活的少年前原圭一，得知了在这和平村庄中发生的分尸杀人案件。而此事件，又与被称为「御社神的作祟」的一连串离奇死亡案件有所关联。
勇太（菅沼久义 配音）是一个普通的少年，一次偶然中，经人推荐，勇太进入了传说中的圣阿方索学院进行学习。这是一所地处月桂树环绕之中的全封闭式贵族学校，拥有完全独立的通讯系统。虽然被称作学校，但学院更多的被选择成为了名流们销声匿迹的藏匿之所。 勇太是全校唯一一个拥有手机的学 生，因此受到了众多学生的欢迎。在这里，他结识了正直可靠的王子乔舒亚（置鮎龙太郎 配音），前知名演员亚鲁法雷德（森田成一 配音），表面上高贵冷静，背地里却是个十足宅男的西鲁班古拉古（三宅纯一 配音）和炼金术师之家出生的腹黑男古鲁曼（野岛健児 配音）等。在相处的过程中，勇太发现，这些看似高不可攀的同学们，其实有着意外可爱的一面，从而与他们结下了深厚的友谊。
今天，日高佐菜（立花慎之介 配音）回到了曾经居住过的小镇上，他即将在那个充满了欢乐回忆的地方开始新的生活。可是，今日的日高早已不同于往日，曾经饱受欺辱的日子彻底改变了他单纯的性格，更有一道永远无法抹去的伤疤要陪伴日高度过他的余生。 在小镇上，日高遇见了曾经的初恋对象八代菜菜香（小清水亚美 配音），从前活泼可爱的她，如今却变成了少言寡语态度冷淡的傲娇女，这些年究竟发生了什么使得她发生了如此巨大的变化呢？在善于插科打诨的好友若月修辅（子安武人 配音）的陪伴下，日高找回了昔日的快乐时光，但总有一份不安在心中默默的酝酿。日高知道，一场回忆的狂风暴雨即将袭来。
文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的“测验召唤系统”，让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮。在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里，男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果，结果却被分到最差的班级F班！同时，考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作，优异的成绩作废，同样被分到F班。明久为了改善瑞希的学习环境，只能尽用班级之间的测验召唤战争提升设备。
西岚为了改写魔界那场大战的结局踏上时空之旅，与一心寻找“鬼手”真相的鬼剑士天才结成盟友，共同历经了悲鸣洞穴，暗黑圣战以及天界革命等刻骨铭心的冒险旅程，最终呈现在他们眼前的，究竟是渴求已久的希望，还是更加严峻的挑战？能够改写未来的关键之人，究竟是谁？
