这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
这是一个将艺术视为魔法的世界，每一年，星之森魔法艺术高中都会向世界各地输送大量具有魔法艺术家潜质的毕业生，他们会活跃在闪亮的舞台之上，给观众们带来快乐。爱咲小花（千本木彩花 配音）是学校里新来的转学生，盛大而重要的星之森夏日祭即将拉开序幕，初出茅庐的小花，竟然在误打误撞之中成为了祭典的实行委员。 外冷内热的一条寺帝歌（梅原裕一郎 配音）、特立独行沉浸在自己的世界里的墨之宫葵（大桥贤一郎 配音）、开朗元气的带刀凛太郎（小野友树 配音）、成熟圆滑的庵条瑠衣（羽多野涉 配音）、内向沉默的土笔茂音（苍井翔太 配音）、样貌可怕但内心却十分温柔的响奏音（江口拓也 配音），等待着小花的，是这六名有个各自独特风格的艺术家们，他们能够相处愉快吗？
花园百合铃（大森日雅 配音）是一个标准的中二少女，虽然已经升入了大学，还整日里一副哥特萝莉的打扮，虽然右眼带着眼罩，但实际上视力毫无问题。表面看来，百合铃有些古怪和难以接近，可实际上，她对待朋友非常的热情友善。一次偶然中，百合铃竟然从魔界里召唤出了恶魔邪神酱（铃木爱奈 配音），她可是那里里地位最崇高的恶魔。 邪神酱一心想要回到魔界，而回去的唯一方法就是杀死她的召唤者百合铃，可是实际上，邪神酱是一个笨手笨脚的废柴，每当她设计想要袭击百合铃时，总是会被后者在有意无意之中一招化解。除了邪神酱外，美杜莎（久保田未梦 配音）、佩柯拉（小坂井祐莉绘 配音）等恶魔也降临人间。
一早就前来诱惑的朱乃、急速接近的小猫、以及越来越积极的爱莎，莉雅丝对3人燃起了对抗心。处在过激争夺战中心的一诚，尽情享受着幸福的色情生活。 在享受平稳日常的另一方面，超自然研究部成员也逐步准备着与巴力家的排名游戏，以及一诚等人的修学旅行。 修学旅行的目的地，是存在着不同神话体系的京都。一诚等人对观光充满期待，但他们刚一到达就被卷入了祸之团一派与栖息于古都的妖怪们之间的纠纷。一诚为了守护莉雅丝所爱的京都，而摸索新的“可能性”……。
大部分的人类，在这个时代里都拥有名为“个性”的力量，但有力量之人却不一定都属于正义的一方。 只要邪恶出现的地方，必定会有英雄挺身而出拯救众人。 一名天生没有力量的少年——绿谷出久从小就憧憬一位顶尖英雄，而他的梦想就是成为伟大的英雄， 可是，没有力量的他能实现自己的梦想吗？ 虽然困难重重，少年却依旧不放弃，朝着自己的目标勇往前进！
