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宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。

讲述在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。他们的诞生理由各有不同。既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——

　　故事发生在遥远的未来，彼时的世界被邪恶的马尔戈力达帝国统治，作为领导者，马尔戈力达四世（松野太纪 配音）组织了一支令人闻风丧胆的拔毛部队，为了掩饰自己寸草不生的头顶，他意在将所有的子民们都变成光头。就在这危机时刻，一个名叫波波波（子安武人 配音）的男人站在了马尔戈力达四世的对立面。这个奇怪的男人留着显眼的金黄爆炸头，自称能够听懂毛的语言，并且巧妙的将毛变为了他的武器。
　　就这样，波波波和马尔戈力达四世的漫长战争开始了。在同伴小美（野中蓝 配音）、东八奇（小野坂昌也 配音）和阳顶天之助（园部启一 配音）等人的帮助下，他能够获得最终的胜利吗？

　　此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕……
　　本片根据漫画家富樫义博的同名原作改编，为该动画的首部剧场版。