为了解救贫穷的村子而与两位同伴一起来到帝都打拼的少年剑士——塔兹米，在抵达帝都的第一天就被骗光了钱，幸好被“好心”的富家大小姐——艾莉亚收留回家。隔天晚上便遭到帝都最凶恶的杀手集团——Night Raid的袭击，塔兹米在下决心保护艾莉亚的时候，却发现了帝都的真相...... 就如同人会腐朽一样，国家总有一天也会走向毁灭，就连千年繁荣的帝都，也不过只是个腐败的人间地狱，披着人皮的魑魅魍魉，嚣张跋扈的四处横行——天若无能制裁邪恶，我等将会于黑暗之中给予消逝—— 我等全员，职业杀手团——

　　在近未來的東京，人來人往的街道上突現出現了黑點，而黑點也慢慢的擴大為直徑數十公里的圓頂狀的東西並將東京給吞噬覆蓋，面對這個光景且呆立的人們在下一秒發現黑點的中心點出現了異樣的事物，後來人們改稱之為《Z/X -Zillions of enemy X-》―――。

   特别会谈后的某天，桐人接到了隶属总务省“假想课”的菊冈诚二郎委托。 那是在枪械与钢铁的VRMMO“Gun Gale Online”(简称GGO)里突然发生的“死枪”事件。    被谜样角色以漆黑之枪的所击中的玩家，在现实世界里也会随之“死亡”……因故欠了人情而无法拒绝帮忙调查的桐人，虽然对于“假想世界”对“现实世界”发生物理影响这件事感到不可置信，但还是登入了“GGO”。    桐人为了寻找关于“死枪”的线索以及对于自身角色变化感到疑惑，而在不熟悉的枪战类型游戏里徘徊。这时对他伸出援手的，是一名习惯使用名为“黑卡蒂Ⅱ”的狙击步枪之少女诗乃。 全新故事就此展开！

母亲再婚，与新“哥哥”夕哉一起生活——光是生活上的剧变就已经烦恼不已的神前美月，某日突然出现一名自称是幽灵的神秘少女日和，并且附身在美月身上。能让日和成佛的条件，竟然是要和她爱慕的“哥哥”相亲相爱。最过分的是被迫穿上一件奇怪的内裤……

前回の大会を経て、更に絆を深めた遙、真琴、渚、怜。 いつもと変わらない日常の中、それぞれの成長した姿を見せていた。 一方、凛は過去の自分を乗り越えて自分の夢へと走り出し、 そして新たな仲間と共に最高のチームを作ることを目指す。 岩鳶と鮫柄、仲間と水泳……そして彼らの未来。 彼らは自分自身と向き合い、それぞれの思いを胸に秘めながら、 新たな夏を迎える――。