故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……

　　故事的主人公露恩·芭洛特是生活在马杜克市的未成年妓女。 　　经营着赌场的野心家榭尔捡到了无依无靠的她之后，给予了芭洛特一切。虚假的出身、虚假的过去和现实，彻头彻尾的简直像要重新书写一个人的人格一样。芭洛特学会了把自己的心封闭在壳里，渐渐的习惯了日复一日封闭自己的生活。 　　芭洛特明知道自己应该感激给予自己一切的榭尔，却又忍不住想知道自己是谁。一旦想起悲惨的过去，却只能感激现在的一切。有一次，芭洛特忍不住用计算机搜索到了自己的经历。这一次的过错，改变了她的人生。榭尔在知道了她的举动之后，决定将她烧死。 　　芭洛特在死亡线上挣扎了一圈之后终于保住性命。马杜克市事件的负责人乌夫库克博士将她全身的皮肤用强化纤维再造，使她活了过来。然而她却不得不面临新的选择，马杜克市有一个法令，以保护人命为目的的紧急法令——马杜克紧急法令09：使用法令禁止的科学技术所特别许可的特殊能力。芭洛特是否能得到这种能力，她又将如何生存下去？她的存在价值，她被杀的原因，她将直面这一切残酷的事实。

　『天地明察』で2010年本屋大賞に輝いた人気作家・冲方丁の出世作にして2003年日本ＳＦ大賞受賞の傑作サイバーパンク小説『マルドゥック・スクランブル』を、原作者自らの脚本でアニメ化する全３部作の映画プロジェクト、その第２弾。賭博師シェルの犯罪を追うヒロインのバロットとその相棒ウフコックを待ち受ける数々の困難と、新たな戦いの舞台“カジノ”で繰り広げられる緊迫の攻防を描く。 　賭博師シェルの犯罪に巻き込まれた少女娼婦バロットと、委任事件担当官のネズミにして万能兵器のウフコック。シェルを追う２人の前に、シェルに雇われた委任事件担当官ボイルドが立ち塞がる。やがて九死に一生を得たバロットとウフコックは特殊な研究施設“楽園”に運び込まれる。窮地を乗り越え絆の強まった２人。やがて彼らは、シェルの移し替えられた記憶が、彼が経営するカジノの百万ドルチップの中に隠されていることを突き止める。バロットはそのチップを手に入れるべく、ついにカジノへと乗り込んでいくが…。

人类与异界体的战局，更加地复杂化且持续着。 “第五次苍穹作战”，是为了夺回被夺去的同胞。驾驶着人型兵器法芙娜的真壁一骑等人的龙宫岛部队，与异界体展开了激烈的战斗。 「为了谁的生存而谁就要进行牺牲。舍弃这样的世界而活下去吧。」「让你回到你应该在的地方」 被夺去的是对于龙宫岛的人们来说的无法替代的存在。但是，对于拮抗的一方而言也是一样的道理。然后，对于人类们也是……。 在这看不见结束的、持续着战争的世界。然后，在此新的故事即将开始——

　『天地明察』で2010年本屋大賞に輝いた人気作家・冲方丁の出世作にして2003年日本ＳＦ大賞受賞の傑作サイバーパンク小説『マルドゥック・スクランブル』を、原作者自らの脚本でアニメ化する全３部作の映画プロジェクト、その完結編。賭博師シェルの犯罪を追うヒロインのバロットとその相棒ウフコックが最強ディーラーを相手に繰り広げる緊迫のブラックジャック対決と、宿敵ボイルドとの壮絶な最終決戦を描く。 　賭博師シェルの犯罪に巻き込まれた少女娼婦バロットと、委任事件担当官のネズミにして万能兵器のウフコック。シェルの犯罪を立証する証拠が隠された４つの百万ドルチップを手に入れるべく、彼が経営するカジノに乗り込んだバロットは、ウフコックの協力で伝説の女性スピナー、ベル・ウィングにも勝利を収める。そしてついに最後の勝負“ブラックジャック”に挑むバロット。だが、そんな彼女の前に、最強のディーラーにしてハウスリーダーのアシュレイが立ちはだかる。