2071年，即将迎接万圣节的火星都市阿尔帕城。在高速道路上一辆油罐车突然发生了爆炸，而在案发现场周边的人们，却也出现了原因不明的症状相继倒地，造成相关死伤者高达400人以上的惨案。警方认为这可能是使用不明生化武器的恐怖活动，火星政府也发出3亿乌隆的高额赏金缉凶。而在追查另一件盗刷货币卡案件的骇客嫌犯李‧山森的菲，却意外拍到了案发当时，现场所出现的一名手掌上有刺青的男子。为了3亿乌隆的赏金，于是BEBOP号上的四人＋一犬搭档，开始找寻这名男子的下落……

神崎瞳出生在难能可贵的和平年代，然而，日复一日波澜不惊的生活却让她感到厌倦至极，甚至失去了生活下去的希望。在一场意外中，瞳被传送到了名为盖亚的异世界中，在这里，人们要抵抗的是来自强大黑龙族的破坏和攻击。而唯一能够拯救这个世界的，是名为梵的龙族后裔。 被传送到这个世界的瞳，见到了曾经在幻觉中出现过的龙之铠甲艾斯嘉科尼中，成为了人们眼中的救世主，背负上了拯救苍生的重任，而她和梵共同对抗的，竟然就是梵的哥哥。在激烈的交战中，瞳渐渐找回了活着的意义，而瞳的出现亦让一心求死的梵产生了活下去的勇气。

2024年，发生了MM制造公司"濑良野基因混合社"的社长绑架案。在收取赎金现场出现的凶犯，居然让自己脸部在所有监视纪录上留下了贴着笑面标志的影像后成功脱逃。案发后六年，"笑面男"的巧妙陷阱再度出现在网络社会中...
封印已久的笑面男苏醒了，特A级黑客与九课的巅峰对决即将拉开帷幕！

2005年には「笑い男事件」を描いたエピソードを160分にまとめた『攻殻機動隊STAND ALONE COMPLEX The Laughing Man』が製作され、DVDでリリースされた。本作と続編である『S.A.C. 2nd GIG』のDVD/ビデオ累計出荷本数は、合わせて150万枚/本に及ぶ