故事讲述能看见妖怪的“四月一日君寻”进入了别名为次元的魔女并自称伪名为“壹原侑子”所拥有的能够实现任何愿望的店。而当时四月一日正为自己能够看见妖怪而烦恼，而侑子说只要四月一日能付出对等的代价，就可以帮助四月一日实现“可以让你看不见妖怪，而且，让妖怪不受你的血所吸引”的愿望。因此，四月一日答应侑子的条件，而侑子就开出让四月一日在其店中打工作为代价，而实现其愿望。而故事就是围绕四月一日在侑子的店中所遇到的怪异事件。
高中生，四月一日君寻在偶然的机缘下闯入闻名异世界的次元魔女，侑子的魔法商店。四月一日在此许下要剔除自身灵能力的愿望 ，因此变成魔法商店的长期工读生，而围绕在他身边的同学小葵、百目鬼也同样是特殊能力者。在这之后，分散在其它异世界国家的小樱，小狼，黑钢与法伊皆因飞王的阴谋皆来到魔法商店。因而使得黑色摩可拿觉醒留在愿望商店陪在侑子身边。这是一个关于穿梭异世界和不可思议现象的魔法故事。
