星历0379年…… 距现在500多年的未来银河系。 在被称为GTO的严格的银河系政府工作的2位少女。 开朗、充满活力的阿苏克露和认真的柯•菲优。 ——2人是GTO有特殊能力的秘密政府官员•ES成员的见习生。

　　在未来世界，人类移民宇宙并成立了「宇宙行星联合」。为监察星球间的贸易和关税，以及打击相关犯罪，特别设立「银河商业关税组织」（Galactic Organization of Trade and Tariffs，简称GOTT）。 　　ES Member是「Encounter of Shadow work Member」的简称。拥有各种特殊能力的干员，通常由两人一组执行勤务，其特殊能力强弱依序分G、S、C等级。本作的两位主角，艾克莱尔和琉米艾尔就是从属于GOTT的ES Member。 　　失去部分记忆的主人公・艾克莱尔和拍档・琉米艾尔，在GOTT局长・艾克莉普丝的命令下，为守护银河住民的应有财产与权利而执行着特殊任务。随着故事的推进，艾克莱尔逐渐将记忆取回，同时，这也预示着一个将全银河都卷入的大事件的到来……

練りこまれたSF設定と豊富なメディアミックス展開で反響を呼んだ美少女SFアニメのテレビシリーズを、新作作画や追加作画を交えながら三部作に構成した劇場版の完結編。後藤圭二監督自身によるディレクターズ・カット版である。新たな姿で復活したエクレールとリュミエールは、前線に帰還。かつての二人の姿を模して謀略を図っていた同じESメンバー、アールヴとその相棒ドヴェルグと対峙する。やがて銀河では、全高6000km近くの超大型宇宙船デュカリオンが暴走をはじめようとしていた。その裏に潜む、この事件を演出しようとする男の意図とは!?　集合したESメンバーたちの最後の戦いが始まる。テレビシリーズ第18～19話あたりから最終回までの物語を再構成。意外な人間関係など物語の真相に迫るクライマックスを大画面に置換し、テレビシリーズより多い情報でリュミエールの過去を語る新作作画部分なども印象的といえる。