正篇讲述关系很亲密的5个人组成的小组织“Little Busters”的成员——少年直枝理树和领袖人物枣恭介为了享受最后的高中生活而组建了一支棒球队“Little Busters”，然后棒球队的成员们遇到了各种各样的烦恼的故事，本作作为特典动画剧情分别由佳奈多、佐佐美、沙耶这三名女性角色，主要会围绕她们各自的故事展开。

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。

　　故事从男主角死亡之后从“死后的世界”醒来开始，在“死后的世界”中的学校里，他与一位名为由利(ゆり)、在“死后的世界”率领着一个名为“死んだ(Shinda)世界(Sekai)战线(Sensen)”简称“SSS”的组织的少女相遇了。“SSS”成立的主要目的是与赐予他们生前悲哀命运的神以及神之使者——天使交战，在天使超乎常理的异能面前，“SSS”只能用枪来反抗。就这样一场发生在“死后的世界”的学校里的超能大战物语开始了……

思春期的少年少女中极少部分人会发作的特殊能力。 驱使着无人知晓的能力，过着顺风顺水学园生活的乙坂有宇。 突然出现在这样的他的面前的少女，友利奈绪。 从与她相遇之日起，被揭露出来的特殊能力者的宿命。 这是由麻枝准所描绘的，特殊能力者们奔跑着的青春物语——。