想变成女生的男孩二鸟修一，在新转校的小学遇到帅气的女生高槻佳乃。最初修一一直压抑着想成为女生的心情，之后发现佳乃经常穿着男生学生服到远方城镇。彼此共享秘密的两人，修一穿着水手服、佳乃穿着男生学生服，一起到远方的城镇冒险。然而当二人升入中学后，新的人际关系以及青春期的烦恼给他们带来了新的问题。
高中生如月龙司由于父母远在海外过着平静的独居生活。但是，表姐英理子从国外回来后，他的生活就此发生了改变。与黑暗组织“毒牙”的接触、与谜之美少女萝丝的相遇。萝丝居然被判定为了传说中的红龙！而且，萝丝对理应是初次见面的龙司一见钟情！？更糟糕的是，盯上了萝丝和遗物“Lost Precious”，不断出现他们面前的各种人物是…… 少女萝丝和龙司的故事就此展开！！
只对女性有反应、世界最强的超级兵器“Infinite Stratos（IS）”。 因为IS的问世，性别平等被破坏，世界变成女尊男卑的社会。主角“织斑一夏”在高中的入学试验误入IS操纵者育成学校“IS学园”的试验会场并意外地启动了IS。成为全世界关注的“世界上唯一能操纵IS的男性”的一夏，被政府强制就读向来只有女性的IS学园，在全校师生对他充满好奇心的视线下，一夏波澜壮阔校园生活就此展开。
平凡的高中生相川步，在莫名其妙的因缘下被卷入震惊社会的连环杀人案身亡，但他竟然死而复生了。原来在事件发生之前与步偶然邂逅的死灵法师“优”，将他变成了不死身而复活。再加上来自魔法世界的少女战士春奈，与另一个吸血忍者少女瑟拉芬，甚至演变成步跟她们全住在一起的局面。
