自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
伊藤启太（福山润 配音）是一个身世极其普通的少年，可是某一日，平凡的他居然收到了来自于超级贵族学校BL学院的入学通知书，怀着忐忑的心情，启太成为了这所豪华男校的一份子。在学校中，启太很快就结识了一群个性可爱的朋友们，甚至与童年的玩伴远藤和希（樱井孝宏 配音）重逢了。此外，还有超级以自我为中心的学生会会长丹羽哲也（小西克辛 配音），个性精明强干的副会长中岛英明（森川智之 配音），外表花哨华丽的“女王”西园寺都（神谷浩史 配音）和其副官——待人谦和彬彬有礼的七条臣（坪井智浩 配音），身为学院新人，启太受到了他们的诸多照顾。 由于不符合入学条件，启太即将被迫退学，正当大家为了留住启太而拼命努力的时候，启太发现，自己被卷入了一个逻辑缜密的阴谋之中。
为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。 身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏执的人气漫画家岸边露伴（樱井孝宏 配音），围绕在东方仗助身边的，是这些有趣而又强大的朋友和队友们，与此同时，越来越多的替身使者亦接连浮出水面。当罪恶的魔爪伸向杜王町之时，东方仗助愿意以自己的生命为代价，保护这片他热爱的土地。
高中生金田一可以说是全日本最白痴的高中生之一，上课老在睡觉，作业从来都是抄和他青梅竹马一起长大的美雪的，什么事情都由美雪帮他扛着。然而，阿一平凡普通的外表下却隐藏着一颗可能世界上最严密精细的头脑。他的爷爷金田一耕助是日本最有名的侦探之一，阿一遗传了爷爷的优秀基因，无论多 么高明的犯罪手法、多么狡诈的罪犯，在他面前都无所遁形！这一系列里，阿一和美雪将会遇到校园七不思议杀人事件、怪盗绅士杀人事件等一系列的恐怖杀人事件，阿一到底怎么拨开一宗宗看似毫无头绪的杀人案的迷雾？
