自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
“这里……是哪儿……” 察觉到的时候，桐人不知为什么陷入了庞大的幻想风格虚拟世界。登录前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。 之后，来到漆黑的巨树“基家斯西达”旁边的他，同一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君。”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样拥有“丰富感情”。 在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着登出这个世界的方法。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――原本，不可能存在的记忆。而在那个回忆中，除了尤吉欧还有一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘记的、重要的名字。
大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。 托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。 历经艰难以后和汤岛老人会合并见到了墨丘利兽，墨丘利兽指责人类没有遵守约定，严重干扰了数码世界的秩序，对数码兽实施残酷的杀戮，然而汤岛却一再强调人类什么事情都没有做。最后谈判破裂，汤岛一面努力制造混乱局面，一面把大一行人送回了人类世界 ，自己却留在了数码世界。回到人类世界的大家决定去见见郁人的父母。 在见到郁人的父母后，郁人拒绝承认自己人类的身份，在大的开导下，他才准备融入这个家庭，并希望回到数码世界，跟墨丘利兽告别。然而等待他们的，却是墨丘利兽的死亡，而杀死它的，就是曾经和大的父亲，郁人的父母以及汤岛、萨摩一同前往过数码世界的仓田。最后，大门大为DATS中唯一一位留在数码世界者。@yakutv.cc
849年，立志成为宪兵的让经过两年的艰苦历练终于实现愿望，荣归故里。他们在托洛斯特地区的街头巷尾进行实战演习，原本踌躇满志的让接二连三被队友赶超，心中满是愤懑和不甘。赛后他和沙夏等队友发生争吵，并且发誓要在次日的对决中一决胜负。就在此时酒气熏熏的皮克西斯司令突然出现，他宣称将由自己充当裁判，而比赛的内容则改为料理对决。为了找到上等的食材，让和伙伴们纵马来到野外，准备猎杀之前为害乡里的野猪，谁知沙夏一行也尾随而至。沙夏她们最先与野猪遭遇，而事态则朝着难以预测的方向发展……
