故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，黑魔仙小月（周娇 饰）偷偷修炼黑魔法，还想要盗走魔仙彩石。守护魔仙小蓝（廖景萱 饰）为了追寻魔仙彩石的下落来到了人间，藏身于音乐盒中，偶遇了善良的姐妹凌美淇（孙圳 饰）和凌美雪（黄安仪 饰）。 小蓝住进了姐妹俩的家中，化身成为他们 的保姆，三人共同度过了一段充满了幸福和快乐的生活，彼此之间结下了深厚的友谊。魔仙女王（王慧 饰）特别准许小蓝教授两姐妹魔法，美淇和美雪成为了小魔仙，与此同时，小月亦在人间结识了名为严莉莉（刘美含 饰）的女孩，将她变成了小黑魔仙。在人间，一场正义和邪恶之间的战争即将拉开序幕。
阳光明媚的一天，灰太狼和他老婆红太狼又一次向羊村发起攻击。不过这次灰太狼祭出了他的制胜法宝——可以把小羊瞬间烤熟的阴离子光球。一时间羊村大乱，灰太狼无往不利。关键时刻，喜羊羊拿来了村长的阳离子光球。结果两个光球发生激烈碰撞，导致时空严重扭曲，羊羊和灰太狼全部被卷入时空漩涡之中。当他们再次睁开眼，发现自己正置身一个鲜花盛开、和风送暖的美丽世界。羊羊们从蜜蜂皇后的口中得知，这里名叫古古怪界，一百年前曾有一个恶魔在此作乱，最终被蜜蜂的祖先封印在巨蛋之中。不凑巧的是，灰太狼夫妇无意中解开巨蛋的封印，恶魔黑大帅获得自由，并发誓毁灭光明道具，统治古古怪界。 为了阻止他的阴谋，羊羊们在自称先知的潇洒哥的帮助下，与黑大帅展开惊险刺激的对抗……
公元1633年，大明水师最年轻旗总路长风护送东厂督公下南洋缉拿要犯，遭遇海兽舰队袭击，全军覆没。路长风被一神秘组织所救，随之来到大航海时代国际贸易中心-吕宋岛。岛民们在大明奇人宋应醒的引领下，建立世界融合城市“万国”，反抗西班牙殖民者的残酷统治。出于调查目的，路长风加入宋应醒的组织“天工”，与万国的奇人异士一起对抗殖民者和海上入侵势力。种种领先于时代的发明创造在此登场，令人叹为观止……在历史与现实交织纠缠中，路长风终于领悟“天工”的奥秘，也解开自己身世之谜。五星连珠彗星回归之夜，路长风宋应醒们将书写任何史...
《喜羊羊与灰太狼之奇幻天空岛》是《喜羊羊与灰太狼》系列的第18部作品。是喜羊羊冒险系列《嘻哈闯世界》的第三部作品。
