故事发生在一个小镇上，冈崎朋也是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平。 某天的上学途中，在樱花飞舞的坡道上，他邂逅了一名少女——古河渚，从此他的生活发生改变。渚因病休学一年，重返校园的她对周围环境感到相当不适应。她想加入戏剧部，然而戏剧部早已休部。朋也决定帮助她一起开展戏剧部的活动，二人关系变得越发亲密。随后不久朋也在图书馆中结识了一名天才少女一之濑琴美。
数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
“你能，和我组一辈子乐队吗？” 高一的春末。羽丘女子学园里的学生基本上都组好了乐队， 推迟入学的爱音也在为了能尽快融入班级而急忙寻找乐队成员。 在这时候，知道「羽丘的小怪人」灯还没组乐队之后， 爱音不由自主地向她搭话…… 遍体鳞伤且蓬头垢面的，我们的“音乐（呐喊）”。 不畏迷茫，纵使迷茫亦要前行。
富士树海的深处，竟然通往异世界？这巨龙在天空飞舞的情景，根本就是典型的奇幻世界！单纯只是个高中辍学生的慎一，有天忽然被带到如此脱离常轨的状况中。虽然慎一拥有轻小说作家的父亲与H-Game原画师的母亲，可说是血统纯正的御宅族。但是他可没有什么特殊能力，拥有的只是对「萌」的 知识、见识与直觉。而他却必须去跟真正的异世界进行交易，慎一被赋予的任务，就是「萌的传教」！于是，还搞不太清楚状况的他，由本性有点腐的女性自卫官护卫，还跟半精灵女仆与美丽的幼女皇帝变得越来越熟。而就在一切渐入佳境的时候，却遇到恐怖分子！？
天生拥有一头如红频果般美丽发色的少女，白雪，因为这样的稀有发色而被恶名昭彰的拉冀王子看上，打算强行纳她为爱妾。感到困扰的白雪决定离开自己的国家，并在邻国克拉利涅斯的森林之中，遇到了一名少年，千。 在与千成了朋友，且与拉冀王子有关的问题也解决后，白雪决定在克拉利涅斯王国留下来，朝自己的目标努力着......
