神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
七年前，楚云飞遭家族聚变，流落中州药王谷。 七年间他凭着自己的努力，名震中州修炼界，随后他回过故土报仇，立誓要查清当年真相。然而在此过程中，他屡遭暗算，经过艰难调查，他惊讶发现幕后黑手竟是如今执掌帝国的帝后……
唐朝末年，天下大乱，藩镇割据，群雄并起。 据说黄巢叛军攻陷长安之前，官府中的神秘组织不良人，曾经执行过最后一次任务，然后便消失不见了，几乎与他们同时消失的，还有叛军搜遍长安也未曾找到的国库宝藏，自此以后，江湖上便传出一条谣言，在传说中的龙泉剑上，隐藏着一个天大的秘密。 直到有一天，一个名叫李星云的神秘孤儿，机缘巧合下被隐士阳叔子所救，并拜在其门下学武，数年之后，李星云与师妹陆林轩下山历练，途中结识了姬如雪和张子凡两个好友，后来又偶然得到了传说中的龙泉剑。 这样一来，李星云和龙泉剑引起了包括玄冥教、通文馆、幻音坊和天师府等诸多门派的觊觎，他们动着各种各样的心思，或巧取豪夺，或通缉追杀，各种手段招数无所不用其极，甚至连消失已久的不良人也有重出江湖的迹象。 李星云这个身世成谜的少年，就这样和他的朋友们周旋于险恶的江湖之中，为了求得一条生存之道而努力挣扎着。
拥有着7000年历史的萨格大陆继续风起云涌。立志要做最伟大魔晶猎人的小裁缝千瑞，在魔晶学院不断卷入阴谋的漩涡。一步步接近真相的代价竟然是要牺牲自己无比信任的朋友和恩师！徘徊在绝望中的千瑞和他的伙伴们到底该何去何从。
三危山是一个古代文明的村落，喵千岁和她的姐姐女萝居住在此。喵千岁是个天真无邪的小女孩，对外界充满了好奇。 在她的记忆里，一直有一个叫做月湖的神秘地方。但这个月湖是真实存在的吗？她能顺利去到月湖吗？
天煞入侵了和平世界，两派战士维护着世界和平，人类习惯了这样的生活。神秘的少女莫提斯的到来打破了主人公诺伊的平静生活，开始走上了消灭天煞的正义之路，然而在一次战斗中诺伊发现了一个有关世界的巨大谎言……
