神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
在初唐，一位胸怀大爱的智者玄奘似乎找到了解救世人的方法，传说玄奘法师为十世金禅转世，在这十世间玄奘以不同的身份、不同职业不断地寻找解救世人的方法，在经历九世的失败后，玄奘终于悟得济世法门---【治心才能治人】。
遥远银河彼端，闪耀着一颗孕育魔法神力的星球——维尔哈伦。大陆上存在着四个迥然各异的国家。来自南国的少年界海机缘巧合下进入一间名为“时之歌”的神秘藏书阁打工，在工作过程中结识了来自不同国家的神秘客人，而这些错综复杂的关系有意无意地将他卷入一场深关大陆命运的漩涡……
