《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
故事以平凡小胖子乐乐的校园生活为背景，讲述钢铁飞龙——炽焰、深蓝、铁拳、Maggie、小星五位战士从未来世界穿越而来，在指导、带领乐乐在一次次击败怪兽的过程中，陪伴他成长为未来英雄的故事。全片除了有热血和冒险元素外，还会有小主角历险后的感悟，让孩子在英雄身上学会成长。
冥族世界的故事即将展开，十三大将集结，为十万年的屈辱而战！ 渺小的人类再一次挑战神权！父王，你未能完成的愿望，交给我！ 三界之战已经打响，这一次就是要逆天而行！
三年前，至尊骨被夺，江羽从此沦为杂役弟子，终日劈柴淡水，备受冷眼。 三年后…… “恭喜宿主至尊骨重生，觉醒诸天万界最强体质！” 闻言，江羽一脚劈碎扁担！ 系统，终于激活了！
